化学生物学与药学院成立于2004年2月25日。2004年3月12日揭牌。
学院在化学生物学与药学院的牌子下履行本科生和研究生教学功能，在首都医科大学药物研究所的牌子下履行新药研究功能。启动了一支队伍两种功能的运作模式。
按照现代药学的学科规范，学院设立了药物化学系、药剂学系、药理学系、化学生物学系、天然药物学系、临床药学系和药学实验教学中心。
建设一支素质好的师资队伍既是学院的近期目标，又是学院的长期目标。师资队伍建设统筹考虑人品、学术、学位、年龄和学科五个因素，按照研究教学型药学院的发展思路，学院教职员将控制在90人以内，学院现有教职员62人，其中正高级职称9人，占总人数的14%；副高级职称17人，占总人数的27%；博士生导师7人，占总人数的11%；硕士生导师17人，占总人数的27%；14人具有博士学位，占总人数的22%，22人具有硕士学位，占总人数的35%。
学院在读学生235人，其中博士研究生7人，硕士研究生75人，本科生153人，按照研究教学型学院的发展思路，我院的本科教育主要为制药企业和社会药房培养普通职员、为大学和研究院所输送硕士研究生。硕士生教育主要为制药企业培养中级职员、为大学和研究院所输送博士研究生。
化学生物学与药学院在学校的统一规划下采用了医学+生物学+化学的办学模式，在理科性、应用性和职业性一体化的办学理念的指导下，学院以系为建制进行学科融合，按一级学科设课的宽口径培养，实施低年级学生导师制，在强调基础性、综合性、设计性和先进性的前提下，培养创新能力。使毕业生在就业竞争中处于领先位置，为今后持续发展打好基础。
建设一流学科是创建一流化学生物学与药学院的基石。学院在学科建设中采取重点发展以优势学科带头人为支撑的优势学科、优先扶持新兴学科的学科建设策略。着力在国外知名杂志上发表学术论文及申请国家发明专利，是学院科研的主导思路。2004年至2007年间获国家973项目1项，国家自然科学基金9项，北京市自然科学基金5项，北京市教委基金13项，共发表SCI论文42篇，申请发明专利38项，获北京市科学技术进步二等奖一项，建立了“多肽及小分子药物”北京市重点实验室。
目前，学院正着力构建科学目标与产品目标兼顾、中西药研究并重、基础研究与应用研究有机结合的科研格局。今后将重点针对心脑血管疾病、肿瘤及老年性疾病等三大疾病，大力发展新药研究体系。
十年树木，百年树人。我们相信，化学生物学与药学院已经给社会留下了美好的感觉。
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