柴继杰博士2

　　杜立林博士3

　　高绍荣博士4

　　郭岩博士6

　　黄牛博士6

　　雷晓光博士8

　　李文辉博士9

　　李夏璐博士10

　　罗敏敏博士11

　　戚益军博士12

　　邵峰博士13

　　王晓晨博士15

　　王晓东博士16

　　袭荣文博士17

　　叶克穷博士18

　　张宏博士19

　　张跃林博士20

　　周俭民博士21

　　朱冰博士22

　　

　　柴继杰博士

　　教育与工作经历：

　　1987大连轻工业学院化学工程系学士

　　1997中国协和医科大学药物分析学博士

　　1997-1999中国科学院生物物理研究所做博士后

　　1999美国普林斯顿大学分子生物学系做博士后

　　2004-中国北京生命科学研究所工作

　　研究概述：

　　该实验室关注并研究在生物学及药学应用中的重要大分子的结构与功能。主要通过蛋白晶体衍射的方法及一些生物、生化方面的手段阐述这些生物大分子在结构和功能上的联系。柴继杰博士实验室并不局限于已建立的研究框架，与北京生命科学研究所的其他研究小组合作，开展联合研究项目。

　　一个正进行的研究方向将关注专职吞噬细胞（professional phagocytes）对凋亡细胞的识别途径。近十年来大量的工作已对凋亡调控的机制做了详尽的研究。相对的，在细胞凋亡后如何去除凋亡的细胞残体的问题并没得到关注。（此问题并不是不重要）如果在此环节出现问题将造成炎症反应的异常持续和自身免疫的出现。在吞噬细胞消除凋亡的细胞体的过程中，第一步反应是凋亡的细胞体和处于凋亡过程中的细胞表面出现如磷脂酰丝氨酸（PS）等可被各种吞噬细胞上的受体识别的发出“eat-me”信号的信号分子。柴继杰博士近年来的研究发现这一识别过程并不仅仅是此类信号分子与吞噬细胞受体的简单结合。实际上，一类可被其他吞噬细胞的受体识别的桥联分子（bridging molecule）如Annexin I（Anx I）也参与了识别过程。除此，实验室还将对“don’t-eat-me”信号的识别机制及溶血磷脂酰胆碱（LPC）等“find-me”信号的产生和调控机制进行研究。前者存于正常细胞，保证这些非凋亡的细胞不被错误吞噬；后者为凋亡细胞所产生。

　　吞噬细胞识别和吞噬凋亡细胞的信号调控的分子机制是该实验室的另一个研究目标。前人在线虫（C. elegans）的遗传学筛选工作中发现七个基因产物分别隶属于两条功能上冗余的信号转导系统参与了清除凋亡细胞体过程。其中一条信号系统为CED-2/ced-5/CED-12/CED10，这条信号系统保守的存于哺乳类中，其同源信号系统为CrkII/Dock180/ELMO/RAC，该实验室将从蛋白三维结构的尺度研究这条信号系统的活化和调控机制。

　　代表性论文：

　　1.Zhiwei Huang， Yingcai Feng， Ding Chen， Xiaojing Wu， Siyang Huang， Xiaojun Wang， Xingguo Xiao， Wenhui Li， Niu Huang， Lichuan Gu， Guangming Zhong and Jijie Chai. Structural basis for activation and inhibition of the chlamydial protease CPAF. Cell Host & Microbe. 6， 2008 （in press）.

　　2.Maikke B. Ohlson， Zhiwei Huang， Neal M. Alto， Marie-Pierre Blanc， Jack E. Dixon， Jijie Chai*， and Samuel I. Miller*. Structure and function of SifA indicate that interactions with SKIP， SseJ， and RhoA family GTPases induce endosomal tabulation （*Co-corresponding authors）. Cell Host & Microbe. 5， 2008 （in press）.

　　3.Zhou JM， Chai J. Plant pathogenic bacterial type III effectors subdue host responses. Curr Opin Microbiol. 2008 Apr； 11（2）：179-85.

　　4.Xiang T， Zong N， Zou Y， Wu Y， Zhang J， Xing W， Li Y， Tang X， Zhu L， Chai J， Zhou JM. Pseudomonas syringae Effector AvrPto Blocks Innate Immunity by Targeting Receptor Kinases. Curr Biol. 2008 Jan 8； 18（1）：74-80.

　　5.Chen L， Wang H， Zhang J， Gu L， Huang N， Zhou JM， Chai J. Structural basis for the catalytic mechanism of phosphothreonine lyase. Nat Struct Mol Biol. Nat Struct Mol Biol. 2008 Jan； 15（1）：101-2.

　　6.Han Z， Xing X， Hu M， Zhang Y， Liu P， Chai J. Structural basis of EZH2 recognition by EED. Structure. 2007 Oct； 15（10）：1306-15.

　　7.Xing W， Zou Y， Liu Q， Liu J， Luo X， Huang Q， Chen S， Zhu L， Bi R， Hao Q， Wu JW， Zhou JM， Chai J. The structural basis for activation of plant immunity by bacterial effector protein AvrPto. Nature. 2007 Sep 13； 449（7159）：243-7.

　　8.Zhang J， Shao F， Li Y， Cui H， Chen L， Li H， Zou Y， Long C， Lan L， Chai J， Chen S， Tang X， Zhou JM. Cell Host & Microbe. 2007 May 17， 1（3）：175-85.

　　9.Wang H， Yan Y， Liu L， Huang H， Shen Y， Chen L， Chen Y， Yang Q， Hao Q， Wang K， Chai J. Structural Basis for Modulation of Kv4 K+ Channels by Auxiliary KChIP Subunits. Nature Neuroscience， 2007 Jan； 10（1）：32-9.

　　10.Zhang T， Sun Y， Tian E， Deng H， Zhang Y， Luo X， Cai Q， Wang H， Chai J， Zhang H. RNA-binding proteins SOP-2 and SOR-1 form a novel PcG-like complex in C. elegans. Development. 2006 Mar； 133（6）：1023-33.

　　11.Han Z， Guo L， Wang H， Shen Y， Deng XW， Chai J. Structural basis for the specific recognition of methylated histone H3 lysine 4 by the WD-40 protein WDR5. Mol. Cell 2006， 22（1）：137-44.

　　12.Yan N， Wu JW， Chai J， Li W， Shi Y. Molecular mechanisms of DrICE inhibition by DIAP1 and removal of inhibition by Reaper， Hid and Grim. “Nat Struct Mol Biol. 2004 May； 11（5）：420-8. Epub 2004 Apr 25.”

　　13.Yan N， Chai J， Lee ES， Gu L， Liu Q， He J， Wu J-W， Kokel D， Li H， Hao Q， Xue .D， and Shi Y. Structure of the CED-4/CED-9 complex reveals insights into programmed cell death in Caenorhabditis elegans. Nature， 2005 Oct 6； 437（7060）：831-7.

　　杜立林博士

　　教育与工作经历：

　　1992南开大学生物系， 学士

　　1995　中国科学院上海生物化学研究所， 硕士

　　2001　耶鲁大学分子生物物理学与生物化学系， 博士

　　2001-2007　美国斯克利普斯研究院， Paul Russell博士实验室，博士后

　　2007-　　 北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　癌症的一个特征是基因组不稳定性。维持基因组稳定性需要细胞对DNA损伤作出正确的反应。细胞对DNA损伤作出的一种反应是激活检验点信号传导网络，进而协调DNA损伤修复与细胞周期进程。本实验室利用裂殖酵母来研究DNA损伤反应的机理。作为一种模式物种，裂殖酵母的优点包括：容易进行遗传学和细胞生物学分析，现成的功能基因组学工具，以及分布在世界各地的富有活力的研究同行。由于DNA损伤反应在真核生物进化过程中的保守性，用裂殖酵母获得的实验结果往往能够帮助我们认识人类基因的功能和更好地了解癌症的发病机制。

　　我们的一个研究重点是染色质修饰在DNA损伤反应中的作用。细胞周期检验点蛋白Crb2在DNA损伤位点的高度聚积依赖两种组蛋白修饰，即H2A的磷酸化和H4赖氨酸20的甲基化。我们将进一步研究这两种组蛋白修饰的调控，以及寻求发现目前未知的参与DNA损伤反应的染色质修饰。

　　代表性论文：

　　1.Victoria Martín， Li-Lin Du， Sophie Rozenzhak， and Paul Russell Protection of telomeres by a conserved Stn1-Ten1 complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA， 104， 14038-14043 （2007）

　　2.Li-Lin Du， Toru M. Nakamura， and Paul Russell Histone modification-dependent and -independent pathways for recruitment of checkpoint protein Crb2 to ouble-strand breaks Genes and Development， 20， 1583-1596 （2006） *Selected as a research highlight in Nature Reviews Molecular Cell Biology， 7， 551 （August 2006）.

　　3.Stéphane Coulon， Eishi Noguchi， Chiaki Noguchi， Li-Lin Du， Toru M. Nakamura， and Paul Russell Rad22Rad52-dependent repair of ribosomal DNA repeats cleaved by Slx1-Slx4 endonuclease Molecular Biology of the Cell， 17， 2081-2090 （2006）

　　4.Toru M. Nakamura， Bettina A. Moser， Li-Lin Du， and Paul Russell Cooperative control of Crb2 by ATM family and Cdc2 kinases is essential for the DNA damage checkpoint in fission yeast Molecular and Cellular Biology， 25， 10721-10730 （2005）

　　高绍荣博士

　　教育工作经历：

　　1989-1993　山东农业大学动物科技学院学习并获学士学位。

　　1993-1996　中国农业大学动物科技学院学习并获硕士学位。

　　1996-2000　中国科学院动物研究所生殖生物学国家重点实验室学习并获

　　博士学位。其中1998-2000在美国布朗大学联合培养。

　　2000-2002　英国罗斯林研究所基因表达与发育系做博士后研究。

　　2002-2004　美国坦普尔大学菲尔斯癌症与分子生物学研究所做博士后研究。　　　　　

　　2004-2005　美国康涅狄格州大学再生生物学中心助理教授。

　　2005-至今　北京生命科学研究所研究员　

　　研究概述：

　　 在2005年8月底回到北京生命科学研究所任实验室主任后，实验室研究重点主要集中在以下三点：

　　（1）利用特定转录因子直接将体细胞重编程为诱导多能干细胞即iPS细胞研究，并以核移植为对比研究两种重编程所存在的异同。我们利用可诱导系统已经成功获得可诱导iPS细胞，并且在世界上首次获得完全由iPS来源的小鼠，引起国内外媒体的广泛关注。我们正在利用所获得的iPS小鼠进一步研究体细胞重编程为iPS细胞过程中的分子机制。同时，我们已经获得病人特异的iPS细胞，正研究这些细胞是否可以进一步应用来筛选药物。相关论文已经发表在Cell Stem Cell， Cell Research上。

　　（2）体细胞克隆胚胎重编程机理和治疗性克隆的研究。已经成功利用不同品系小鼠和不同类型的体细胞经核移植后建立了一百多株核移植胚胎干细胞系，并已经证明其全能性。同时已经成功在体外将克隆胚胎干细胞分化为心肌细胞，并构建成可移植的心肌组织。同时我们正在利用体细胞核移植结合生物化学的方法研究体细胞核移植胚胎表观遗传修饰重编程的机理以及体细胞克隆胚胎发育异常的表观遗传缺陷的机制，我们的长期目标是找到卵母细胞中可能的重编程因子，为进一步提高体细胞核移植胚胎发育和体外重编程体细胞为全能性干细胞的效率。相关论文已经发表在JBC， Proteomics，Biol.Reprod.， Genomics，Differentiation和Cloning Stem Cells 上。

　　（3）哺乳动物早期胚胎发育机理的研究，我们主要通过基因敲除，基因敲入，转基因的方法研究一些与胚胎早期发育有关的基因的功能，我们实验室已经获得了近十种基因敲除，转基因小鼠，现正在具体分析其功能。相关部分论文已经发表在Cell Research 和Biol.Reprod.上，还有许多重要的基因敲除工作正在整理投稿！

　　代表性论文：

　　1.Kang L， Wang J， Zhang Y， Kou Z， Gao S （2009）　iPS cells can support full term development of tetraploid blastocyst-complemented embryos. Cell Stem Cell 5（2）：135-138. （Corresponding author）

　　2.Zhang M， Wang F， Kou Z， Zhang Y， Gao S （2009） Defective chromatin structure in somatic cell cloned embryos. J. Biol. Chem. 284（37）：24981-7. （Corresponding author）

　　3.Sung LY*， Gao S*， Shen H， Yu H， Song Y， Smith SL， Chang CC， Kuo L， Lian J， Tian XC， Tuck DP， Weissman SM， Yang X and Cheng T （2006）　Differentiated cells are more efficient than adult stem cells for cloning by somatic cell nuclear transfer. Nat. Genet. 38（11）： 1323-1328. （* Co-first author）

　　4.Gao S， Han Z， Kihara M，　Adashi E， and Latham KE （2005）Protease inhibitor MG132 in cloning： no end to the nightmare. Trends Biotechnol. 23：66-68.

　　5.Gao S， Chung YG， Parseghian MH， King GJ， Adashi EY， Latham KE. （2004） Rapid H1 linker histone transitions following fertilization or somatic cell nuclear transfer：　Evidence for a uniform development program in mice. Dev. Biol. 266（1）：62-75.

　　6.Ding J， Guo Y， Liu S， Yan Y， Chang G， Kou Z， Zhang Y， Jiang Y， He F， Gao S （2009）　　 ES Cells Derived from Somatic Cloned and Fertilized Blastocysts are Post-transcriptionally Indistinguishable： a MicroRNA and Protein Profile Comparison　Proteomics　9（10）：2711-21. （Corresponding author）

　　7.Guo X and Gao S （2009） LGN regulates meiotic spindle organization， anchoring and involves in cortical polarization during mouse oocytes maturation. Cell Research 19（7）：838-48. （Corresponding author）

　　8.Wang Y， Jiang Y， Liu S， Sun X， Gao S （2009） Generation of induced pluripotent stem cells from human beta-thalassemia fibroblast cells. Cell Research 19（9）：1120-3. （Corresponding author）

　　9.Huang S， Wang J， Liu S， Li Y， Hu J， Kou Z， Zhang Y， Sun X， Gao S （2009） Differentiation of reprogrammed somatic cells into functional hematopoietic cells.　　Differentiation. 78（2-3）：151-8. （Corresponding author）

　　10.Gao Y， Wang B， Xiao Z， Chen B， Han J， Wang X， Zhang JJ， Gao S， Zhao Y， Dai J. （2009）　　Nogo-66 regulates Nanog expression through Stat3 pathway in murine embryonic stem cells.

　　11.Stem Cells Dev. 2009 Apr 28. [Epub ahead of print] Wang J， Zhang M， Zhang Y， Kou Z， Han Z， Chen DY， Sun QY， Gao S. （2009） The Histone Demethylase JMJD2C Is Stage-Specifically Expressed in Preimplantation Mouse Embryos and Is Required for Embryonic Development.　Biol. Reprod. 2009 Aug 19. [Epub ahead of print]； （Corresponding author）

　　12.Yao H， Li B， Wang S， Kou Z， Zhang Y， Gao S， Gou K. （2009） Genome-wide and gene specific paternal demethylation in androgenetic embryos. Front Biosci. 14：3884-91. （Corresponding author）

　　13.Wang S， Hu J， Guo X， Liu JX， Gao S （2009） ADP-ribosylation factor 1 regulates asymmetric cell division in female meiosis in Mouse. Biol. Reprod. 80：555-562. （Corresponding author）

　　14.Chang G， Liu S， Wang F， Kou Z， Zhang Y， Chen D and Gao S （2009） Differential methylation status of imprinted genes in nuclear transfer derived ES （NT-ES） cells　　Genomics 93（2）：112-9. （Corresponding author）

　　郭岩博士

　　教育与工作经历：

　　1988北京农业大学农学系植物育种学专业学士

　　1999德国科隆大学遗传学系、德国科隆马普植物育种所植物分子遗传学博士

　　1988-1999中国北京中国科学院遗传所陈受宜教授实验室做研究助理

　　1999-2003美国亚利桑那州图森市亚利桑那大学植物科学系朱健康博士实验室做博士后研究

　　2004-中国北京生命科学研究所工作

　　研究概述：

　　本实验室的研究兴趣主要是植物如何感受并响应环境胁迫，诸如土壤高浓度盐、碱，及干旱，特别是植物在胁迫条件下体内Ca2+ 信号和pH内平衡的调节。主要研究内容是利用拟南芥突变体研究植物感受环境胁迫信号过程中所发生的遗传和分子特性的变化。目的是为了阐明植物响应环境胁迫的信号路径，并鉴定一些具有潜在功能的能够提高作物适应环境胁迫的关键作用元件。

　　代表性论文：

　　1.Xie C.G.， Lin H.， Deng X.W.， Guo Y. 2009. Roles of SCaBP8 in salt stress response. Plant Signal Behav. 4（10）.

　　2.Lin， H.， Yang， Y.， Quan， R， Mendoza， I.， Wu， Y.， W.， Du， Zhao， S.， Schumaker， K.S.， Pardo， J.M.， and Guo Y.， 2009. Phosphorylation of SOS3-LIKE CALCIUM BINDING PROTEIN8 by SOS2 Protein Kinase Stabilizes Their Protein Complex and Regulates Salt Tolerance in Arabidopsis. Plant Cell 21： 1607-1619.

　　3.Gao Y.， Gong X.， Cao W， Zhao J.， Fu L.， Wang X.， Schumaker K.S， and Guo Y. 2008. SAD2 in Arabidopsis functions in trichome initiation through mediating GL3 function and regulating GL1， TTG1 and GL2 expression. J Integr Plant Biol. 50（7）：906-917.

　　4.Zhao， J.F.， Zhang， W.H.， Zhao， Y.， Gong， X.M.， Guo， L.， Zhu， G.， Wang， X.， Gong， Z.Z.， Schumaker， K.， and Guo， Y. 2007. SAD2， an Importin　-Like Protein， Is Required for UV-B Response in Arabidopsis by Mediating MYB4 Nuclear Trafficking. Plant Cell 19（11）：3805-3818.

　　5.Quan， R.， Lin， H.， Mendoza， I.， Zhang， Y.， Cao， W.， Yang， Y.， Shang， M.， Chen， S.， Pardo， J. M.， and Guo， Y. 2007. SCaBP8/CBL10， a Putative Calcium Sensor， Interacts with the Protein Kinase SOS2 to Protect Arabidopsis Shoots from Salt Stress. Plant Cell 19（4）：1415-1431.

　　黄牛博士

　　教育与工作经历：

　　1994南开大学 物理系 生物物理学学士学位

　　1994 - 1998中国医学科学院&中国协和医科大学 药物研究所 研究助理

　　2003马里兰大学巴尔的摩分校药学博士学位

　　2003-2007加利福尼亚大学旧金山分校制药化学和生物制药学系博士后

　　2007-北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　近年来，生物学领域的研究进展极大地加深了我们对和疾病密切相关的分子靶标的认识。然而，如何有效地利用这些生物学信息，进而针对疾病靶标来设计治疗性药物，还需要我们从原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和生物功能之间的关系。我们将进一步开发基于物理学原理的计算化学理论和分子模拟技术，来研究在分子识别过程（蛋白-蛋白，蛋白-核酸和蛋白-配体相互作用）中的自由能和空间构象的变化，从而指导蛋白质结构和功能的改造，以及加速新药的设计与开发。我们将充分利用本实验室在大分子模拟和小分子设计方面的条件和经验，积极促进物理和计算科学在生物学中的应用，同时探索高性能科学计算（High-performance Computing， HPC）的方法学研究。

　　代表性论文：

　　1.John Irwin， Brian Shoichet， Michael Mysinger， Niu Huang， Francesco Colizzi， Pascal Wassam and Yiqun Cao. Automated docking screens： a feasibility study. J. Med. Chem. 2009， 52：5712-20

　　2.Chaya S. Rapp， Cheryl Schonbrun， Matthew P. Jacobson， Chakrapani Kalyanaraman and Niu Huang. Automated Site Preparation in Rescoring of Receptor Ligand Complexes. Proteins. 2009， 77：52-61

　　3.Qing Yao ， Jixin Cui ， Yongqun Zhu ， Guolun Wang ， Liyan Hu ， Chengzu Long ， Ran Cao ， Xinqi Liu ， Niu Huang ， She Chen ， Liping Liu and Feng Shao. A bacterial type III effector family uses the papain-like hydrolytic activity to arrest the host cell cycle. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2009， 106：3716-3721

　　4.Zhiwei Huang， Yingcai Feng， Xiaojing Wu， Xiaojun Wang， Xingguo Xiao， Wenhui Li， Niu Huang， Lichuan Gu， Guangming Zhong and Jijie Chai. Structural and biochemical mechanisms of the catalysis， activation and inhibition of CPAF （Chlamydial Protease/Proteasome-like Activity Factor）. Cell Host & Microbe. 2008， 4： 529-542

　　5.Niu Huang and Brian Shoichet. Exploring Ordered Waters in Molecular Docking. J. Med. Chem. 2008， 51：4862-4865

　　6.Linjie Chen， Huayi Wang， Jie Zhang， Lichuan Gu， Niu Huang， Jian-Min Zhou and Jijie Chai. Structural basis for the catalytic mechanism of phosphothreonine lyase. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008， 15：101-102

　　7.Niu Huang and Matthew P. Jacobson. Physics-based Methods for Studying Protein-Ligand Interactions. Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 2007， 10：325-331.

　　8.Niu Huang， John Irwin and Brian Shoichet. Benchmarking Sets for Molecular Docking. J. Med. Chem. 2006， 49：6789-6801.

　　9.Niu Huang， Chakrapani Kalyanaraman， Katarzyna Bernacki and Matthew P. Jacobson. Ligand Binding Free-energy Calculations via Physics-based Scoring Methods. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006， 8：5166-5177.

　　10.Nilesh K. Banavali， Niu Huang and Alexander D. MacKerell， Jr. Conserved Patterns in Backbone Torsion Changes Allow For Single Base Flipping from Duplex DNA with Minimal Distortion of the Double Helix. J. Phys. Chem. B. 2006， 110：10997-11004.

　　11.Niu Huang， Chakrapani Kalyanaraman， John Irwin， Matthew P. Jacobson. Physics-based Scoring of Protein-ligand Complexes： Enrichment of known inhibitors in Large-Scale Virtual Screening. J. Chem. Inf. Model. 2006， 46：243-253.

　　12.Victor M. Anisimov， Guillaume Lamoureux， Igor V. Vorobyov， Niu Huang， Benoit Roux， Alexander D. MacKerell， Jr. Determination of Electrostatic Parameters for a polarizable Force Field Based on the Classical Drude Oscillator. J. Chem. Theory. Comp. 2005， 1： 153-168.

　　13.Niu Huang and Alexander D. MacKerell， Jr. Specificity in protein-DNA interactions： Energetic recognition by the （cytosine-C5）-methyltransferase from HhaI. J. Mol. Biol. 2005， 345：265-274.

　　雷晓光博士

　　教育与工作经历：

　　2001北京大学，化学与分子工程学院，化学学士学位

　　2006美国波士顿大学 化学系，化学方法学与化学分子库发展中心， 有机化学博士学位

　　2006- 2008美国哥伦比亚大学，美国斯隆-凯特林癌症研究中心，生物有机与药物化学博士后研究员

　　2008-北京生命科学研究所研究员， 化学中心主任

　　研究概述：

　　小分子影响了许多重要的生物过程， 因此它们可以被认为是“中心法则”的另一个重要的组成成分。 具有生物活性的小分子可以是通过自然进化选择的天然产物，也可以是通过有机合成制造的药物分子和用于研究生物进程的化学探针。因此有机合成是化学学科中的重要分支，与药物研发，以及生命科学研究密切相关。当前，我们急需应用新的小分子去帮助研究已知的生物反应机理，去发现尚未被阐明的生物作用机理，去验证全新的生物药物靶点，和去解决重大的医学难题。特别是当前创新型药物研究进入到一个多学科、多技术协作的新时代。其中化学，特别是有机合成，药物化学与化学生物学，和生命科学的结合是满足创新型药物研发的先决条件。

　　代表性论文：

　　1.Lei， X.； Danishefsky， S. J. “Efficient Synthesis of a Novel Resorcyclide as Anticancer Agent Based on Hsp90 Inhibition” Adv. Synth. Catal. 2008， 350， 1677-1681

　　2.Lei， X.； Dai， M.； Hua， Z.； Danishefsky， S. J. “Biomimetic Total Synthesis of Tricycloillicinone and Mechanistic Studies Toward the Rearrangement of Prenyl Phenyl Ethers” Tetrahedron Lett. 2008， 49， 6383-6385

　　3.Ng， F.； Yun， H.； Lei， X.； Danishefsky， S. J.； Fahey， J.； Stephenson， K.； Flexner， C.； Lee， L. “（3R，9R，10R）-Panaxytriol： a molecular-based nutraceutical with possible application to cancer prevention and treatment” Tetrahedron Lett. 2008， 49， 7178-7179

　　4.Peng， L. F.； Kim， S. S.； Matchacheep， S.； Lei， X.； Su， S.； Lin， W.； Runguphan， W.； Choe， W. H.； Sakamoto， N.； Beeler， A. B.； Porco， J. A.， Jr.； Schreiber， S. L.； Chung， R. T. “Identification of Novel Epoxide Inhibitors of HCV Replication Using High-Throughput Screening.” Antimicrob. Agents Chemother. 2007， 51， 3756-3759.

　　5.Lei， X.； Porco， J. A.， Jr. “Total Synthesis of the Diazobenzofluorene Antibiotic （-）-Kinamycin C.” J. Am. Soc. Chem. 2006， 128， 14790-14791. （News story describing this work was highlighted in Chem. & Eng. News 2006， 45， 9.）

　　6.Porco， J. A.， Jr.； Su， S.； Lei， X.； Bardhan， S.； Rychnovsky， S. D. “Total Synthesis and Structure Assignment of （+）-Hexacyclinol” Angew. Chem. Int. Ed. 2006， 45， 5790-5792； Angew. Chem. 2006， 118， 5922-5924. （News stories describing this work were reported in Chem. & Eng. News 2006， 31， 11 and Nature 2006， 442， 492-493）

　　7.Lei， X.； Porco， J. A.， Jr. “Studies directed toward the enantioselective synthesis of the kinamycin antibiotics.” Abstracts of Papers， 230th ACS National Meeting， Washington， DC， United States， Aug. 28-Sept. 1， 2005， ORGN-241.

　　8.Lei， X.； Zaarur， N.； Sherman， M. Y.； Porco， J. A.， Jr. “Stereocontrolled Synthesis of a Complex Chemical Library via Elaboration of Angular Epoxyquinol Scaffolds.” J. Org. Chem. 2005， 70， 6474-6483.

　　李文辉博士

　　教育与工作经历：

　　1994兰州医学院 医学学士学位

　　1997兰州生物制品研究所 免疫学硕士学位

　　2001中国协和医科大学 中国医学科学院 基础医学研究所 病原生物学博士学位

　　1997-1998兰州生物制品研究所 研究助理

　　2001-2004哈佛大学医学院 博士后

　　2004-2007哈佛大学医学院 Instructor

　　2007-北京生命科学研究所 研究员

　　研究概述：

　　本实验室的主要研究兴趣为囊膜病毒侵入及相关过程的分子机制。病毒侵入细胞起始于与细胞表面受体的结合，围绕这一过程，我们希望探索：病毒细胞受体分子的识别；病毒受体是如何介导膜融合的；其它胞内因子是如何参与病毒侵入的；病毒蛋白是如何进行免疫逃逸的；病毒跨物种感染与传播；如何有效地抑制病毒的侵入，等。我们将以几种重要的病毒如新型冠状病毒，出血热病毒，乙脑病毒，乙肝病毒等为研究对象，综合运用以生物化学为主，无生物安全隐忧的多学科方法，以回答上述问题。这些研究将有利于深化对于这些病毒基本生物学及病毒与感染宿主相互作用的认识与理解，并且有助于开发有效的抗病毒制剂及新型疫苗。

　　代表性论文：

　　1.Li W， Sui J， Huang IC， Kuhn JH， Radoshitzky SR， Marasco WA， Choe H， Farzan M.The S proteins of human coronavirus NL63 and severe acute respiratory syndrome coronavirus bind overlapping regions of ACE2. Virology. 2007； doi：10.1016/j.virol.2007.04.035

　　2.Radoshitzky SR， Abraham J， Spiropoulou CF， Kuhn JH， Nguyen D， Li W， Nagel J， Schmidt PJ， Nunberg JH， Andrews NC， Farzan M， Choe H. Transferrin receptor 1 is a cellular receptor for New World haemorrhagic fever arenaviruses. Nature. 2007；446（7131）：92-6.

　　3.Kuhn JH， Li W， Radoshitzky SR， Choe H， Farzan M. Severe acute respiratory syndrome coronavirus entry as a target of antiviral therapies. Antiviral Therapy. 2007， 12：639-650 review

　　4.Li F， Berardi M， Li W， Farzan M， Dormitzer PR， Harrison SC. Conformational states of the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein ectodomain. J Virol. 2006， 80（14）： 6794-800.

　　5.He Y， Li J， Li W， Lustigman S， Farzan M， Jiang S. Cross-neutralization of human and palm civet severe acute respiratory syndrome coronaviruses by antibodies targeting the receptor-binding domain of spike protein. J Immunol. 2006，176（10）：6085-92.

　　6.Li W， Wong SK， Li F， Kuhn JH， Huang IC， Choe H， Farzan M. Animal origins of the severe acute respiratory syndrome coronavirus： insight from ACE2-S-protein interactions. J Virol. 2006，80（9）：4211-9 review

　　7.Kuhn JH， Radoshitzky SR， Guth AC， Warfield KL， Li W， Vincent MJ， Towner JS， Nichol ST， Bavari S， Choe H， Aman MJ， Farzan M. Conserved receptor-binding domains of Lake Victoria marburgvirus and Zaire ebolavirus bind a common receptor. J Biol Chem. 2006，281（23）：15951-8.

　　8.Huang IC， Bosch BJ， Li F， Li W， Lee KH， Ghiran S， Vasilieva N， Dermody TS， Harrison SC， Dormitzer PR， Farzan M， Rottier PJ， Choe H. SARS coronavirus， but not human coronavirus NL63， utilizes cathepsin L to infect ACE2-expressing cells. J Biol Chem. 2006，281（6）：3198-203.

　　9.Zhang L， Zhang F， Yu W， He T， Yu J， Yi CE， Ba L， Li W， Farzan M， Chen Z， Yuen KY， Ho D. Antibody responses against SARS coronavirus are correlated with disease outcome of infected individuals.J Med Virol. 2006，78（1）：1-8.

　　10.Li F， Li W， Farzan M， Harrison SC. Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with receptor. Science. 2005，309（5742）：1864-8. Comments in science. 2005， 16； 309 （5742） ：1822-3.

　　11.Sui J， Li W， Roberts A， Matthews LJ， Murakami A， Vogel L， Wong SK， Subbarao K， Farzan M， Marasco WA. Evaluation of human monoclonal antibody 80R for immunoprophylaxis of severe acute respiratory syndrome by an animal study， epitope mapping， and analysis of spike variants.J Virol. 2005，79（10）：5900-6.

　　12.Li W， Zhang C， Sui J， Kuhn JH， Moore MJ， Luo S， Wong SK， Huang IC， Xu K， Vasilieva N， Murakami A， He Y， Marasco WA， Guan Y， Choe H， Farzan M. Receptor and viral determinants of SARS-coronavirus adaptation to human ACE2. EMBO J. 2005， 24（8）：1634-43.

　　李夏璐博士

　　教育与工作经历：

　　1995复旦大学生物化学系 生物化学学士

　　2000中国科学院上海生物化学研究所 分子生物学博士

　　2000-2005美国哥伦比亚大学 生物系博士后

　　2005-2006 美国哥伦比亚大学 生物系助理研究员

　　2006-北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　信使RNA（mRNA）是介于遗传信息载体¬¬¬¬¬¬¾DNA和生物功能执行者¾蛋白质间的信息传递分子。在真核生物中，绝大多数基因初始转录产物¾mRNA precursor（pre-mRNA），必须在细胞核内经过5’-加帽（capping）、剪接（splicing）、和3’-加多聚腺苷酸尾（polyadenylation）等一系列加工步骤，才能成为可用于编码蛋白的成熟mRNA外运至细胞质。虽然转录及随后发生的各步加工反应均可在体外系统中独立重建，但是越来越多的证据表明，在真核基因表达过程中，转录与核内pre-mRNA各加工步骤相互整合、紧密协同。毫无疑问，这种广泛存在的整合与协同有利于确保每步反应的效率和准确性。然而，我们最近的研究结果却揭示了其另一种功能：防止在真核基因转录过程中由新生RNA与DNA模板重新配对形成的R-loops结构，从而避免新生RNA对基因组DNA完整性的不利影响。

　　我们实验室的研究兴趣主要在于运用多种遗传学、分子生物学和生物化学方法阐明真核基因表达过程中核内各种与转录协同进行的生物学过程对于基因组结构稳定性的影响。目前，实验室的工作集中于：

　　1. 研究真核基因转录与RNA加工各步骤之间相互耦合的分子机制。

　　2. 阐明这一耦合机制在预防转录诱导的R-loops形成中的作用。

　　3. 探究R-loops影响基因组稳定性的分子机制。

　　4. 鉴定与R-loops形成相关的基因结构改变及其生物学意义。

　　代表性论文：

　　1.Xialu Li and James L. Manley， 2009， The Role of Alternative Splicing During the Cell Cycle and Programmed Cell Death. In Ralph A. Bradshaw and Edward A. Dennis， editors： Handbook of Cell Signaling 2nd edition， Oxford：Academic Press， ， pp. 2329-2334. （invited book chapter）

　　2.Xialu Li*， Tianhui Niu.， and James L Manley. 2007. The RNA binding protein RNPS1 alleviates ASF/SF2 depletion-induced genomic instability. RNA 13（12）： 2108-2115 （*corresponding author）.

　　3.Xialu Li and James L Manley， 2006， Co-transcriptional processes and their influence on genome stability. Genes & Development， 2006； 20（14）：1838-1847.

　　4.Xialu Li and James L Manley. 2006. Alternative Splicing and Control of Apoptotic DNA Fragmentation. Cell Cycle 5（12）.1286-1288

　　5.Xialu Li and James L. Manley， 2005， New talents for an old acquaintance： the SR protein splicing factor ASF/SF2 functions in the maintenance of genome stability. Cell cycle， 4（12）： 1706-1708.

　　6.Xialu Li， Jin Wang and James L Manley， 2005， Loss of splicing factor ASF/SF2 induces G2 cell-cycle arrest and apoptosis， but inhibits internucleosomal DNA fragmentation， Genes & Development， 19（22）：2705-2714.

　　7.Xialu Li and James L Manley， 2005， Inactivation of the SR protein splicing factor ASF/SF2 results in genomic instability. Cell， 122 （3）， p365-378.

　　Boliang Li， Xialu Li et al.， 1999， Human acyl-CoA：Cholesterol acyltransferase-1 （ACAT-1） gene organization and evidence that the 4.3-kilobase ACAT-1 mRNA is produced from two different chromosomes.， J Biol Chem， 274 （16）： p11060-11071

　　罗敏敏博士

　　教育与工作经历：

　　1995北京大学心理学学士

　　1997美国宾夕法尼亚大学 计算机科学硕士

　　2000美国宾夕法尼亚大学神经学博士

　　2000-2004杜克大学神经生物学系博士后

　　2004 -2005中科院神经科学研究所研究员

　　2005-北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　该实验室目前主要研究两个相关的神经生物学问题：1）嗅觉信号在哺乳动物脑中的编码；2）本能性的社会行为在神经环路水平上的生理机制。

　　哺乳动物能够检测和区分不可胜数的气味分子。在过去的十多年中，嗅觉系统的研究有了突飞猛进的进步。Buck & Axel 的工作揭示，在哺乳动物中有1000多种气味受体蛋白，每个受体细胞只表达一种受体。表达同一受体的细胞聚合到嗅球中的特定点，形成独特的空间组织方式。然而，对于气味分子在嗅球中的编码方式仍不清楚。该实验室运用电生理，光学成像，及遗传工程的手段，研究嗅球内细胞对气味的表征及至下级中枢的投射。

　　一些特殊气味，类如其它同类或其天敌所释放的体味，能够尤其敏感地被检测并有效触发特定的行为，类如交配、攻击、或先天性的恐惧。这些信号的检测及对行为的影响主要通过由嗅球经内侧杏仁核至下丘脑的神经通路所完成。我们运用电生理、神经示踪、遗传工程及行为分析的手段，研究嗅觉信号在嗅球，内侧杏仁核及下丘脑的加工和表征。我们正在验证标记通路的假说：即是否有特定的受体细胞及与其直接相联的中枢通路通过选择性地对不同的社会性嗅觉信号起反应来调控相关的特定行为。我们也通过在脑切片条件下记录这些神经通路中细胞的内在特性及突触特性，来研究社会信号表征的生理基础。许多精神性疾病表现为社会行为的紊乱，因此我们的工作不仅可以有助于理解感觉系统和最基本的社会行为的神经生物学基础，亦可具有临床意义。

　　代表性论文：

　　1.Yan Z， Tan J， Qin C， Lu Y， Ding C， Luo M* （2008） Precise Circuitry Links Bilaterally Symmetric Olfactory Maps. Neuron 58：613–624.

　　2.Bian X， Yanagawa Y， Chen WR， Luo M* （2008） Cortical-like Functional Organization of the Pheromone-processing Circuits in the Medial Amygdala. J Neurophysiol， 99：77-86.

　　3.Hu J， Zhong C， Ding C， Chi Q， Walz A， Mombaerts P， Matsunami H， Luo M* （2007） Detection of near-atmospheric concentrations of CO2 by an olfactory subsystem. Science， 317：953-957.

　　4.Grosmaitre X， Santarelli LC， Tan J， Luo M， Ma M （2007） Dual functions of mammalian olfactory sensory neurons as odor detectors and mechanical sensors. Nature Neurosci ， 10： 348-354.

　　戚益军博士

　　教育与工作经历：

　　1995南京农业大学植物病理学学士学位

　　2001浙江大学分子生物学博士学位

　　2001-2004美国俄亥俄州立大学博士后

　　2004-2006 美国冷泉港实验室博士后

　　2006北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　RNA干扰 （RNA interference， RNAi） 是真核生物中的一种普遍现象，它在很多不同的生物过程中起到非常重要的作用。这些过程包括发育调控，抵抗病毒侵染，以及染色质修饰。RNAi的重要特征包括Dicer切割产生小分子RNA和RNA诱导的沉默结合体（RNA-induced silencing complex， RISC） 的形成。RISC可以导致转录或转录后水平的基因沉默。在植物中存在多种RNAi通路，这包括siRNA介导的转录后水平的基因沉默，miRNA介导的切割或翻译抑制和转录水平的基因沉默。转录水平的基因沉默通常与染色质的修饰（DNA和histone的甲基化）紧密相关。

　　我们实验室综合遗传学，分子生物学和生物化学的方法，以拟南芥和衣藻为模式生物，研究中RNAi的作用机理和功能。我们的兴趣包括RISC的形成，小分子RNA如何识别和导致同源染色质的修饰，RNAi组分如何在不同通路中特异化，以及小分子RNA在拟南芥和衣藻生长发育过程中的作用。

　　RNAi的发现不但拓宽了本实验室对RNA在基因表达中调控作用的了解，同时给我们提供了研究基因功能的强大工具。我们实验室也对RNAi在植物功能基因组中的应用有兴趣。

　　代表性论文：

　　1.Wang， X.， Elling， A. A.， Li， X.， Li， N.， Peng， Z.， He， G.， Sun， H.， Qi， Y.， Liu， S.， Deng， X.W. （2009）. Genome-wide and organ-specific landscapes of epigenetic modifications and their relationships to mRNA and small RNA transcriptomes in maize. The Plant Cell， 21：1053-1069.

　　2.Zhao， T.， Wang， W.， Bai， X.， and Qi， Y. （2009） Gene silencing by artificial microRNAs in Chlamydomonas. The Plant Journal， 58： 157-164.

　　3.Gruntman， E.*， Qi， Y.*， Slotkin， R.， Roeder， T.， Martienssen， R.， and Sachidanandam， R. （2008） Kismeth： Analyzer of plant methylation status through bisulfite sequencing. BMC Bioinformatics， 9：371 （* contributed equally to this work）

　　4.Meyers， B.C.， Axtell， M.J.， Bartel， B.， Bartel， D.P.， Baulcombe， D.， Bowman， J.L.， Cao， X.， Carrington， J.C.， Chen， X.， Green， P.J.， Griffiths-Jones， S.， Jacobsen， S.E.， Mallory， A.C.， Martienssen， R.A.， Poethig， R.S.， Qi， Y.， Vaucheret， H.， Voinnet， O.， Watanabe， Y.， Weigel， D.， and Zhu， J.K. （2008）. Criteria for annotation of plant MicroRNAs. The Plant Cell， 20， 3186-3190.

　　5.Mi， S.， Cai， T.， Hu Y.， Chen Y.， Hodges E.， Ni F.， Wu L.， Li S.， Zhou H.， Long C.， Chen S.， Hannon G.， and Qi， Y. （2008） Sorting of small RNAs into Arabidopsis Argonaute complexes is directed by the 5’ terminal nucleotide. Cell， 133： 116-127.　

　　This work was featured in Cell 133：25-26， 2008.

　　6.Zhao， T.， Li， G.， Mi， S.， Li， S.， Hannon， G.， Wang， X.-J.， and Qi， Y. （2007）. A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii. Genes and Development， 29： 1190-1203.　

　　This work was featured in： Cell 129：1029， 2007； Genes and Development 21： 1153-1156， 2007； Nature 447： 5， 2007； Nature 447： 518， 2007； Nature Review Genetics 8： 406， 2007； ACS Chemical Biology 2： 436-437， 2007　

　　7.Qi， Y.， He， X.， Wang X-J.， Kohany， O.， Jurka， J. and Hannon， G. （2006） Distinct catalytic and non-catalytic roles of ARGONAUTE4 in RNA-directed DNA methylation. Nature， 443： 1008-1012　

　　8.Qi， Y.， Denli， A. and Hannon， G.（2005）. Biochemical specialization within Arabidopsis RNA　silencing pathways. Molecular Cell ， 19： 421-428.

　　邵峰博士

　　教育与工作经历：

　　1996　　　北京大学技术物理系应用化学专业学士学位

　　1999　　　中国科学院生物物理研究所硕士学位

　　2003　　　美国密西根大学医学院生物化学系博士学位

　　2003-2004　　 美国加州大学圣地亚哥分校医学院博士后研究

　　2004-2005　　 美国哈佛大学医学院博士后研究

　　2005-2009　　 北京生命科学研究所研究员

　　2009-　　 北京生命科学研究所高级研究员

　　研究概述：

　　我们实验室主要感兴趣于研究细菌病原体和宿主细胞相互作用过程中的生物化学机制。我们的研究目标是希望能够发现病原体在抑制真核宿主细胞免疫信号系统中一些新的机理。我们在最近的研究中发现并定义了一类广泛存在于多种细菌病原体中新的巯基蛋白酶。这个新蛋白酶家族包括来源于动物病原性Yersinia 中的YopT 效应蛋白和植物病原菌pseudomonas 中的Avirulence 因子AvrPphB；前者作用于并能够酶切真核宿主细胞中异戊二烯化的小G蛋白（Rho GTPases），这种作用帮助抑制宿主细胞的对病原体吞噬功能。同时，我们也发现AvrPphB的蛋白酶活性在植物免疫和抗病中也起到相当重用的作用。我们目前集中于研究这个新蛋白酶家族中的其它，来源于Legionella pneumonia 和Enteropathogenic E.coli 菌中的新成员。 我们希望通过各种生物化学和细胞生物学的手段来研究并阐明这些蛋白酶的活性在这些病菌的感染和致病过程中的所扮演的角色。同时，我们实验室对蛋白质泛素化及泛素降解通路在细胞周期，细胞增殖以及肿瘤形成过程的作用感兴趣。最近的研究结果表明一类含有BTB结构域的蛋白可能作为一种由CUL3组装的新的泛素E3连接酶复合物的特异性连接分子。目前的研究工作集中在验证这些新的BTB蛋白能够通过CUL3依赖性的泛素化通路调节细胞周期和细胞增殖并阐明其机制。后续的工作将进一步研究这些新的蛋白降解通路在某些肿瘤细胞增殖中所起的作用。

　　代表性论文：

　　1.Ge J， Xu H， Li T， Zhou Y， Zhang Z， Li S， Liu L， Shao F. （2009） A Legionella type IV effector activates the NF-κB pathway by phosphorylating the IκB family of inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci.， 106， 13725-13730

　　2.Chen Y， Yang Z， Meng M， Zhao Y， Dong N， Yan H， Liu L， Ding M， Peng， HB， Shao F. （2009） Cullin Mediates Degradation of RhoA through Evolutionarily Conserved BTB Adaptors to Control Actin Cytoskeleton Structure and Cell Movement. Mol. Cell， 35， 841-855

　　3.Dowen RH， Engel JL， Shao F， Ecker JR， Dixon JE. （2009） A Family of Bacterial Cysteine Protease Type III Effectors Utilizes Acylation-dependent and -independent Strategies to Localize to Plasma Membranes. J. Biol. Chem.， 284， 15867-15879

　　4.Yao Q， Cui J， Zhu Y， Wang G， Hu L， Long C， Cao， R， Liu X， Huang N， Chen S， Liu L， Shao F. （2009） A bacterial type III effector family uses the papain-like hydrolytic activity to arrest the host cell cycle. Proc. Natl. Acad. Sci.， 106， 3716-3721

　　5.Zhu Y.， Li H.， Hu L.， Wang， J.， Zhou Y.， Pang Z.， Liu L.， Shao F. （2008） Structure of a Shigella effector reveals a new class of ubiquitin ligases. Nature Structural & Molecular Biology， 15， 1302-8

　　6.Shao F. （2008） Biochemical functions of Yersinia type III effectors. Current Opinion in Microbiology， 11， 21-29 （invited review）

　　7.Zhu Y， Li H， Long C， Hu L， Xu H， Liu L， Chen S， Wang DC， Shao F. （2007） Structural insights into the enzymatic mechanism of the pathogenic MAPK phosphothreonine lyase. Mol. Cell， 28， 899-913

　　8.Zhang J， Shao F， Li Y， Cui H， Chen L， Li H， Zou Y， Long C ， Lan L， Chai J， Chen S， Tang X， Zhou JM. （2007） A Pseudomonas syringae effector inactivates MAPKs to suppress PAMP-induced immunity. Cell Host & Microbe， 1， 175-185.

　　9.Li H， Xu H， Zhou Y， Zhang J， Long C， Li S， Chen S， Zhou JM， Shao F. （2007） The phosphothreonine lyase activity of a bacterial type III effector family. Science， 315， 1000-1003.

　　10.Alto NM， Shao F， Lazar CS， Brost RL， Chua G， Mattoo， SM， McMahon SA， Ghosh P， Hughes TR， Boone C， Dixon JE. （2006） Identification of a bacterial type III effector family with G-protein mimicry functions. Cell， 124， 133-145.

　　王晓晨博士

　　教育与工作经历：

　　1988-1992山东大学微生物学系微生物学士

　　1994-1999北京大学生命科学学院植物基因工程和蛋白质工程国家重点实验室博士

　　1998-1999比利时根特大学/佛兰德斯生物科技研究所访问学生

　　1999-2006美国科罗拉多大学分子与细胞发育生物学系博士后

　　2006-北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　细胞程序化死亡是一种通过激发内在自杀程序的细胞自我毁灭的细胞进程。和细胞增殖一样，细胞死亡也是动物发育和自我平衡很重要的一方面。这两种进程都被牢牢的控制着使得在不同的组织和器官中细胞数目控制在一个合适的程度。细胞程序化死亡的失调将导致很多的人类疾病，包括癌症、自身免疫失调、神经退化失调（阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿症）和获得性免疫缺陷综合症（艾滋病）等等。

　　秀丽线虫提供了一个独一无二的系统来研究细胞程序化死亡是怎样被调控和执行的。在线虫中通过遗传学的研究已经鉴定出了一条控制激活和执行细胞程序化死亡的遗传途径，包括细胞死亡的特异性，激活，执行，细胞尸体的吞噬和DNA的降解。重要的是，所有这些对于线虫中细胞程序化死亡过程有功能的基因都能在哺乳动物中找到相对应的同源基因，并以相类似的方式调节凋亡。这一些都暗示着调控细胞死亡的机制从线虫到人类都是保守的。

　　我们实验室的研究课题为：

　　1.由于遗传上的冗余性，传统的正向遗传学筛选可能会“漏掉”一些参与凋亡细胞吞噬过程的基因，我们将运用特异的正向遗传学筛选手段来获得这些基因。

　　2运用反向遗传学寻找参与凋亡细胞清除过程的新基因。

　　3对所鉴定的吞噬相关基因展开凋亡细胞吞噬过程调节机制的研究。

　　凋亡细胞的吞噬过程是整个细胞死亡程序中不可缺少的一环，它在组织重塑，炎症抑制和免疫应答调控中也起着重要的作用。对死细胞清除的障碍会引起诸如哮喘、类风湿性关节炎和狼疮等炎症疾病和自身免疫紊乱。在过去的几十年中，虽然对凋亡细胞的吞噬已经有了大量的研究，但其分子机制依然很不清楚，问题就在于吞噬过程本身的复杂性和参与因子的冗余性，而且又缺乏真正的高等动物体内模型。利用秀丽小杆线虫作为模式动物，我们实验室将同时运用整体遗传和生化的方法再结合功能分析来研究调控凋亡细胞清除的分子机制。我们实验室在线虫中的研究，有助于揭示吞噬作用在人体内的调控机制；并能提高对于凋亡过程中凋亡细胞清除的了解。

　　代表性论文：

　　1.Wei Zou， Qun Lu， Dongfeng Zhao， Weida Li， James Mapes， Yuting Xie and Xiaochen Wang， 2009. Caenorhabditis elegans myotubularin MTM-1 negatively regulates the engulfment of apoptotic cells. PLos Genetics Oct；5（10）：e1000679. Epub 2009 Oct. 9.

　　2.Weida Li， Wei Zou， Dongfeng Zhao， Jiacong Yan， Zuoyan Zhu， Jing Lu and Xiaochen Wang， 2009. C. elegans Rab GTPase activating protein TBC-2 promotes cell corpse degradation by regulating the small GTPase RAB-5. Development 136（14）：2445-55.

　　3.Qun Lu， Yan Zhang， Tianjing Hu， Pengfei Guo， Weida Li and Xiaochen Wang， 2008. C. elegans Rab GTPase 2 is required for the degradation of apoptotic cells. Development 35（6）：1069-1080. Epub 2008 Feb 6.

　　4.Monica Darland-Ransom， Xiaochen Wang， Chun-Ling Sun， James Mapes， Keiko Genguo-Ando， Shohei Mitani， Ding Xue， 2008. Role of C. elegans TAT-1 protein in maintaining plasma membrane phosphatidylserine asymmetry. Science 320： 528-531.

　　5.Xiaochen Wang， Jin Wang， Keiko Gengyo-Ando， Lichuan Gu， Chun-Ling Sun， Chonglin Yang， Yong Shi， Tetsuo Kobayashi， Yigong Shi， Shohei Mitani， Xiao-Song Xie & Ding Xue， 2007. C. elegans mitochondrial factor WAH-1 promotes phosphatidylserine externalization in apoptotic cells through phospholipid scramblase SCRM-1. Nature Cell Biology 9：541-549. Epub 2007 April 1

　　王晓东博士

　　教育与工作经历：

　　1984北京师范大学生物系学士

　　1991美国德克萨斯大学西南医学中心生物化学博士

　　2001-美国德克萨斯大学西南医学中心生物医学科学杰出首席教授

　　2002-霍华德-休斯医学研究所研究员

　　2003-北京生命科学研究所资深研究员

　　研究概述：

　　我们的研究目标是在分子水平上理解细胞凋亡── 一种细胞内固有的自身消亡的生化过程。同时，我们还希望在人类疾病如癌症中精确地找到这一基础生化过程的缺陷，并根据我们从研究中获得的信息来设计相应的治疗策略。

　　我们在研究中运用了多种实验方法，涵盖了生物化学、分子生物学、细胞生物学的最新技术。同时，我们和其他的实验室也有非常活跃的合作，合作领域涉及线虫、小鼠等模式系统的遗传学，包括X-射线结晶学、电子显微镜的结构生物学，以及高通量筛选化合物库及化学合成的化学生物学。我们计划在NIBS建立这些技术并使这些技术能为所有NIBS的实验室利用。在NIBS的实验室将继续研究细胞凋亡的生化途径。同时，我们将研究RNA干扰（RNAi）的生化机制及其在哺乳动物系统中的生物学功能。

　　代表性论文：

　　1.Kim， H.E.， Du， F.， Fang， M.， and Wang， X. （2005）. Formation of apoptosome is initiated by cytochrome c-induced dATP hydrolysis and subsequent nucleotide exchange on Apaf-1. Proc Natl Acad Sci U S A 102， 17545-17550.

　　2.Wang， G.， Shang， L.， Burgett， A.W.， Harran， P.G.， and Wang， X. （2007）. Diazonamide toxins reveal an unexpected function for ornithine delta-amino transferase in mitotic cell division. Proc Natl Acad Sci U S A 104， 2068-2073.

　　3.Petersen， S.L.， Wang， L.， Yalcin-Chin， A.， Li， L.， Peyton， M.， Minna， J.， Harran， P.， and Wang， X. （2007）. Autocrine TNFalpha signaling renders human cancer cells susceptible to Smac-mimetic-induced apoptosis. Cancer Cell 12， 445-456.

　　4.Kim， H.E.， Jiang， X.， Du， F.， and Wang， X. （2008）. PHAPI， CAS， and Hsp70 promote apoptosome formation by preventing Apaf-1 aggregation and enhancing nucleotide exchange on Apaf-1. Mol Cell 30， 239-247.

　　5.Wang， L.， Du， F.， and Wang， X. （2008）. TNF-alpha induces two distinct caspase-8 activation pathways. Cell 133， 693-703.

　　6.He， S.， Wang， L.， Miao， L.， Wang， T.， Du， F.， Zhao， L.， and Wang， X. （2009）. Receptor interacting protein kinase-3 determines cellular necrotic response to TNF-alpha. Cell 137， 1100-1111.

　　7.Zhenyue Hao， Gordon S. Duncan， Chia-Che Chang， Andrew Elia， Min Fang， Andrew Wakeham， itoshi Okada， Thomas Calzascia， YingJu Jang， Annick You-Ten， Wen-Chen Yeh， Pamela Ohashi， Xiaodong Wang， and Tak W. Mak （2005）. Specific Ablation of the Apoptotic Functions of Cytochrome c Reveals a Differential Requirement for Cytochrome c and Apaf-1 in Apoptosis. Cell， 121， 579–591.

　　8.Qing Zhong， Wenhua Gao， Fenghe Du， and Xiaodong Wang （2005）. Mule/ARF-BP1， a BH3-Only E3 Ubiquitin Ligase， Catalyzes the Polyubiquitination of Mcl-1 and Regulates Apoptosis. Cell， 121， 1085–1095.

　　袭荣文博士

　　教育与工作经历：

　　1995年　　滨州医学院 临床医学学士

　　1998年　　 上海医科大学 理科硕士

　　2002年　　 美国肯塔基州大学 生物学博士

　　1998-2002　 美国肯塔基州大学生物系助教，助研

　　2003-2006　 美国思达沃医学研究所博士后

　　2006-　　北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　我们实验室致力于研究成体干细胞的在体内的维持和调节机制。成体干细胞可以通过自我更新长期存在于机体内。同时它们的子细胞也有能力分化为多种成熟细胞，维持着组织细胞的新陈代谢。干细胞本身也受着严格的调控，调控的紊乱可能导致癌症，衰老或退化性疾病的发生。我们利用遗传学模式动物果蝇和小鼠研究成体干细胞及其小生境的结构功能及分子调节机制，以及它们的异常与肿瘤等疾病发生的关系，从而帮助理解疾病的发生机制和提供可能的治疗策略。

　　代表性论文：

　　1.Lin， G.， Xu， N.， and Xi， R. （2009）. Paracrine Unpaired Signaling through the JAK/STAT Pathway Controls Self-renewal and Lineage Differentiation of Drosophila Intestinal Stem Cells. J Mol Cell Biol. [Epub ahead of print]

　　2.Xi， R. （2009）. Anchoring stem cells in the niche by cell adhesion molecules. Cell Adh Migr 3. [Epub ahead of print]

　　3.Lin， G.， and Xi， R. （2008）. Intestinal stem cell， muscular niche and Wingless signaling. Fly （Austin） 2， 310-312.

　　4.Lin， G.， Xu， N.， and Xi， R. （2008）. Paracrine Wingless signalling controls self-renewal of Drosophila intestinal stem cells. Nature 455， 1119-1123.

　　5.Zhao， R.， Xuan， Y.， Li， X.， and Xi， R. （2008）. Age-related changes of germline stem cell activity， niche signaling activity and egg production in Drosophila. Aging Cell 7， 344-354.

　　6.Xi， R.， and Xie， T. （2005）. Stem cell self-renewal controlled by chromatin remodeling factors. Science 310， 1487-1489.

　　7.Xi， R.， Doan， C.， Liu， D.， and Xie， T. （2005a）. Pelota controls self-renewal of germline stem cells by repressing a Bam-independent differentiation pathway. Development 132， 5365-5374.

　　8.Xi， R.， Kirilly， D.， and Xie， T. （2005b）. Molecular mechanisms controlling germline and somatic stem cells： similarities and differences. Curr Opin Genet Dev 15， 381-387.

　　叶克穷博士

　　教育与工作经历：

　　1995浙江大学生物学学士

　　2000中科院生物物理所博士

　　2001-2005 斯隆癌症研究所博士后

　　2005-北京生命科学研究所研究员

　　研究概述：

　　叶克穷实验室主要通过X光晶体学，核磁共振等结构方法以及生化分析手段研究蛋白质和非编码核糖核酸之间的相互作用。RNA除了在基因表达中作为信使载体，还承担很多其他功能。在各种生物体中已经发现了许多非编码核糖核酸，它们不翻译成蛋白质，却在分子结构，催化反应，基因调节中起重要作用。这些非编码核糖核酸常常和蛋白质形成核酸蛋白复合物（RNP）行使功能，研究RNP三维结构已经成为理解其功能的重要手段。

　　该实验室的一个主要工作是研究RNA Silencing的结构机理。大部分真核生物利用长度约为21个核甘酸的微小核糖核酸抑制基因表达。我们希望在结构水平研究微小核酸是如何产生，如何工作，又是如何受到调控的。该实验室还研究两类由RNA介导的RNA修饰酶的结构和功能。C/D 和H/ACA RNP是两类分别催化特定位点2'-O甲基化核糖和假尿嘧啶形成的RNA修饰酶。他们由多个蛋白质和一条向导RNA组成，其中RNA含有和被修饰核苷酸两侧RNA互补的序列，通过和底物碱基配对选择特定的修饰位点，而复合物中蛋白质负责催化化学反应。通过研究分子三维结构，我们希望最终能揭示向导RNA工作的一般原理。

　　代表性论文：

　　1.Ye K.， Jia R.， Lin J.， Ju M.， Peng J.， Xu A. and Zhang L. 2009 Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase. Proc Natl Acad Sci USA， 106： 13808-13813

　　2.Duan J.， Li L.， Lu J.， Wang W. and Ye K. 2009. Structural mechanism of substrate RNA recruitment in H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase. Mol Cell. 34：427-439

　　3.Lin J.， Zhou T.， *Ye K. and *Wang J. 2007 Crystal structure of human mitoNEET reveals distinct groups of iron-sulfur proteins. Proc Natl Acad Sci USA 104：14640-14645 （*corresponding authors）

　　4.Ye， K. 2007. H/ACA RNAs， proteins and complexes. 2007 Curr. Opin. Struct. Biol. 17：287-292 （review）

　　5.Patel， D.J.， Ma， J.-B.， Yuan， Y.-R.， Ye， K.， Pei， Y.， Kuryavyi， V.， Malinina， L.， Meister， G. and Tuschl， T. 2006. Structural Biology of RNA Silencing and Its Functional Implications. Cold Spring Harb Symp. Quant Biol. 71：81-93.

　　6.Li， L. and Ye， K. 2006. Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle. Nature 443： 302-307.

　　7.Ye， K. and Patel， D.J. 2005. RNA silencing suppressor p21 of Beet Yellows Virus forms an RNA-binding octameric ring structure. Structure 13：1375-1384.

　　张宏博士

　　教育与工作经历：

　　1991安徽大学生物化学系学士

　　2001美国纽约 Albert Einstein College of Medicine 分子遗传学博士

　　2001- 2004哈佛大学医学院、马萨诸塞总医院癌症中心研究员

　　2004-2009北京生命科学研究所研究员

　　2009- 北京生命科学研究所高级研究员

　　研究概述：

　　本实验室的兴趣主要集中在研究PcG （Polycomb group）基因介导的表型基因沉默机理。众所周知，PcG蛋白可以维持关键的发育调节因子如Hox基因的准确表达模式。而且，现在越来越多的证据现实，PcG蛋白也参与了对细胞增殖和肿瘤发生的调节过程。然而，在果蝇和哺乳动物细胞中，PcG复合体的成分非常复杂，这就阻碍了我们对PcG介导基因沉默以及相关靶基因的研究。与此相反，在秀丽线虫（C. elegans）中，PcG复合体的成分相对简单。我们实验室的工作就是利用秀丽线虫作为模式系统研究PcG复合体介导的基因调节作用并从而延伸到对哺乳动物的研究。

　　我们实验室的前期工作已经证明秀丽线虫的PcG蛋白SOP-2蛋白具有RNA结合能力。在功能和结构上，这都与其他机体的PH和SCM蛋白类似。有意思的是，SOP-2蛋白可以形成明显的核小体即SOP-2小体。SOP-2小体的形成和其功能紧密相联，并可被翻译后修饰如sumoylation调节。

　　因此，实验室以后的工作主要集中在：

　　1.鉴定SOP-2蛋白结合的RNA成分，并阐述其在SOP-2介导基因沉默中的作用。PH和SCM结合RNA的活性以及在基因沉默中的作用也将被进一步的研究。

　　2.研究核小体在SOP-2介导基因沉默中的作用。进一步鉴定SOP-2核小体的成分并分析SOP-2小体形成的调节途径。

　　3.鉴定sop-2靶基因并研究在sop-2突变体中看到的它们对发育过程的多方面调节效应。

　　代表性论文：

　　1.Ren， H.Y. and Zhang， H. （2009） The Wnt/MAPK signaling pathway controls developmental timing in C. elegans. （submitted）.

　　2.Huang， X.X.， Tian， E， Xu， Y.H.， and Zhang， H. （2009） The C. elegans engrailed homolog ceh-16 regulates the self-renewal expansion division of stem cell-like seam cells. Developmental Biology 333， 337-347.

　　3.Xia， D.， Huang， X.X.， and Zhang， H. （2009） The temporally regulated transcription factor sel-7 controls the developmental timing in C. elegans. Developmental Biology 332， 246-257.

　　4.Tian， E， Wang， F.X.， Han， J.H.， and Zhang， H. （2009） epg-1 functions in the autophagy pathway and may encode a highly divergent Atg13 homolog in C. elegans. Autophagy 5， 608-615.

　　5.Zhao， Y.， Tian， E， and Zhang， H. （2009） Selective autophagic degradation of maternally-loaded germline P granule components in somatic cells during C. elegans embryogenesis. Autophagy 5， 717-719.

　　6.Zhang， Y.X.， Yan， L.B.， Zhou， Z.， Yang， P.G.， Tian E， Zhang， K.， Zhao， Y.， Li， Z.P.， Song， B.， Han， J.H.， Miao， L.， and Zhang， H. （2009） SEPA-1 mediates the specific recognition and degradation of P granule components by autophagy in C. elegans. Cell 136， 308-321.

　　7.Cai， Q.C.， Sun， Y.Y.， Huang， X.X.， Guo， C.， Zhang， Y.X.， Chen， Y.Y.， and Zhang， H. （2008） The C. elegans PcG-like gene sop-2 coordinately regulates the temporal， spatial， and sexual specificities of cell fates. Genetics 178， 1445-1456.

　　8.Deng， H.， Xia， D.， Fang， B.， and Zhang， H. （2007） The Flightless I homolog， fli-1， regulates anterior-posterior polarity， asymmetric cell division and ovulation during C. elegans development. Genetics 177， 847-860.

　　9.Xia， D.， Zhang， Y.X.， Huang， X.X.， Sun， Y.Y.， and Zhang， H. （2007） The C. elegans CBF? homolog， BRO-1， regulates the proliferation， differentiation and specification of the stem cell-like seam cell lineages. Developmental Biology 309， 259-272.

　　10.Deng， H.， Sun， Y.Y， Zhang， Y.X.， Luo， X.， Hou， W.R.， Tian， E， Han， J.H.， and Zhang， H. （2007） The C. elegans NF-Y complex functions as PcG proteins in Hox gene repression. Developmental Biology 308， 583-592.

　　张跃林博士

　　教育与工作经历：

　　1985–1989　　复旦大学遗传工程专业，学士

　　1992–1995　　美国俄克拉荷马州立大学生化与分子生物学，博士

　　1995–1998　　 北卡罗莱纳大学，博士后研究助理

　　1998–1999　　 美国杜克大学，博士后研究助理

　　1998–2000　　 Tellus Genetics公司，实验室主任

　　2000–2001　　 Maxygen公司，项目主管

　　2001–2005　　 英属哥伦比亚大学，助理教授

　　2005-　　 北京生命科学研究所研究员

　　研究领域：

　　1. 先天性免疫

　　识别和抵抗微生物的侵染对于多细胞生物的存活是至关重要的。在此过程中，先天性免疫起着关键性作用。动物中的受体（如Toll样受体、Nod蛋白）对病原配体的识别诱导了先天性免疫反应；在植物中，抗病基因产物对病原无毒信号的识别启动了下游的信号级联反应，从而限制了病原的增殖和扩散。植物的大多数抗病蛋白与动物的 Nod蛋白具有结构上的同源性。越来越多的研究表明，二者下游的信号通路也非常相似。

　　抗病蛋白介导的抗病反应通常导致局部性细胞凋亡，在植物学上称为过敏反应。系统获得性抗性是过敏反应之后的次级反应，它赋予植物对广谱病原体的非特异性的系统抗性（SAR）。水杨酸 （SA） 是诱导SAR 反应的必要信号分子。NPR1是SA诱导植物抗病基因表达和抗病反应所必需的调控蛋白，它与动物中的NF-κB蛋白具有很高的同源性。通过酵母双杂交实验，我们发现 NPR1与一组TGA 转录因子相互作用。我们运用基因敲除的方法构建了TGA2、TGA5和TGA6的三突变体。在三突变体中，SA类似物INA诱导的抗病相关基因的表达和抗病反应均被阻断。我们正致力于用遗传和生化的方法来阐明TGA 转录因子调控先天性免疫反应的潜在机理。

　　2. 功能基因组学

　　多种多细胞生物如拟南芥、人类、和小鼠的全基因组测序工作已经完成，但大多数基因的功能仍然未知。由于拟南芥中绝大多数基因的敲除突变体都已获得，因此拟南芥已成为分析基因功能的强有力平台。我们正致力于用系统生物学的方法研究拟南芥中的大量基因，从而鉴定在先天性免疫及其他一些动植物共有的生物学过程中起重要作用的基因的功能。

　　代表性论文：

　　1.Gao， M.， Wang， X.， Wang， D.， Xu， F.， Ding， X.， Zhang， Z.， Bi， D.， Cheng， Y.T.， Chen， S.， Li， X.， and Zhang， Y. 2009. Regulation of cell death and innate immunity by two receptor-like kinases in Arabidopsis. Cell Host Microbe 6， 34-44.

　　2.Cheng， Y.T.， Germain， H.， Wiermer， M.， Bi， D.， Garcia， A.V.， Wirthmueller， L.， Despres， C.， Parker， JE， Zhang Y.， and Li X. 2009. MOS7 is required for plant innate immunity and nuclear accumulation of defense regulators. Plant Cell 21：2503-2516.

　　3.Monaghan， J.， Xu， F.， Gao， M.， Zhao， Q.， Palma， K.， Long， C.， Chen， S.， Zhang， Y.， and Li， X. 2009. Two Prp19-like U-box proteins in the MOS4-associated complex play redundant roles in plant innate immunity. PLoS Pathog 5， e1000526.

　　4.Xia， X.， Zhu， Z.， Hao， L， Chen， JG， Xiao， L.， Zhang， Y. and Li X. 2009. Negative Regulation of Systemic Acquired Resistance by Replication Factor C Subunit 3 in Arabidopsis. Plant Physiology 150：2009-2017.

　　5.Goritschnig， S.， Weihmann， T.， Zhang， Y.， Fobert， P.， McCourt， P.， Gruissem， W.， and Li， X. 2008. A novel role for protein farnesylation in plant innate immunity. Plant Physiology 148：348-357.

　　6.Gao， M.， Liu， J.， Bi， D.， Zhang， Z.， Cheng， F.， Chen， S.， and Zhang， Y. 2008. MEKK1， MKK1/MKK2 and MPK4 function together in a mitogen-activated protein kinase cascade to regulate innate immunity in plants. Cell Res. 18：1190-1198.

　　周俭民博士

　　教育与工作经历：

　　1984年， 四川大学生物系，学士学位。

　　1987年，中国科学院遗传所， 硕士学位。

　　1994 年，普度大学园艺系，博士学位。

　　1984年-1987年，中国科学院遗传所研究助理（硕士）。

　　1987年-1989年，中国科学院遗传所助理研究员。

　　1989年-1994年，普度大学园艺系研究助理。

　　1994年-1997年，普度大学农学系，博士后研究员。

　　1997年1-2002年， 堪萨斯州立大学植物病理系助教授。

　　2002年-2005年，堪萨斯州立大学植物病理系副教授。

　　2004年-现在，　　北京生命研究所高级研究员。

　　研究概述：

　　本实验室的主要研究兴趣是植物与病原微生物间相互作用的机理。植物可以感受病原菌的入侵，并且启动防卫反应成功地抵御病原菌的感染。而病原菌通过适应寄主产生相应的毒性机制感染寄主，引发病害。我们用拟南芥和假单孢杆菌间互作为模式回答植物的抗病机理和病原菌的致病机理。目前的工作主要回答植物是如何识别细菌并激活先天免疫的信号传导通路，细菌致病蛋白的生化功能及在寄主中的靶点等问题。对这些问题的回答，有利于农业生产中对病害的控制。另外，因为动植物先天免疫机理的相似性和植物遗传易操作性，我们的工作还有助对动物先天免疫的认识。　

　　代表性论文：

　　1.Xinyan Li， Huiqiong Lin， Weiguo Zhang， Yan Zou， Jie Zhang， Xiaoyan Tang， and Jian-Min Zhou （2005）. Flagellin induces innate immunity in nonhost interactions that is suppressed by Pseudomonas syringae effectors. PNAS （track II）， 102： 12990-12995.

　　2.Fangming Xiao， S. Mark Goodwin， Yanmei Xiao， Zhaoyu Sun， Douglas Baker， Xiaoyan Tang， Matthew A. Jenks， and Jian-Min Zhou （2004） Arabidopsis CYP86A2 represses Pseudomonas syringae type III genes and is required for cuticle development. EMBO J.， 23， 2903-2913.

　　3.Ping He， Satya Chintamanani， Zhongying Chen， Lihuang Zhu， Barbara N. Kunkel， James R. Alfano， Xiaoyan Tang， and Jian-Min Zhou （2004）. Activation of a COI1-dependent pathway in Arabidopsis by Pseudomonas syringae type III effectors and coronatine. The Plant Journal， 37， 589-602.　

　　朱冰博士

　　教育与工作经历：

　　1992浙江大学学士

　　1995中国水稻研究所硕士

　　1999中国科学院上海植物生理研究所博士

　　1999-2002瑞士弗雷德里克-米歇尔研究所（Friedrich Miescher Institute）博士后（Research Fellow）

　　2002-2006美国霍华德-休斯医学院（Howard Hughes Medical Institute） 博士后（Research Associate）

　　2006至今北京生命科学研究所研究员

　　本实验室主要研究兴趣：

　　真核生物转录过程中的染色质动态变化（co-transcriptional chromatin dynamics）。其中包括染色质修饰（Chromatin Modifications），组蛋白变体的共转录置换（histone variant exchange）和转录过程中的组蛋白H2A/H2B 二聚体置换（histone H2A/H2B dimmer exchange）。

　　本实验室以蛋白质生化为基础，结合细胞生物学，分子生物学手段，进行对共转录染色质动态变化中起作用的酶复合体的分离纯化，作用机理研究和功能研究。以期增进对转录调节的理解。

　　代表性论文：

　　1.Wen Yuan， Jingwei xie， Chengzu Long， Hediye Erdjument-Bromage， Xiaojun Ding， Yong Zheng， Paul Tempst， She Chen， Bing Zhu* and Danny Reinberg* （2009）　Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L （HnRNP-L） is a subunit of human KMT3a/Set2 complex required for H3 lys36 trimethylation activity in vivo. J. Bio. Chem. 2009 Mar 30. [Epub ahead of print]　*： corresponding authors

　　2.Rushad Pavri， Bing Zhu， Guohong Li， Patrick Trojer， Subhrangsu Mandal， Ali Shilatifard， and Danny Reinberg （2006） Histone H2B Mono-ubiquitination Functions Cooperatively with FACT to Regulate Elongation by RNA Polymerase II. Cell. 125： 703-717

　　3.Karen Adelman， Wenxiang Wei， M. Behfar Ardelhali， Janis Werner， Bing Zhu， Danny Reinberg， John T. Lis. （2006） The Drosophila Paf1 complex modulates chromatin structure at actively transcribed genes. Mol. Cell. Biol. 26： 250-260

　　4.Bing Zhu， Yong Zheng， Anh-Dung Pham， Subhrangsu S. Mandal， Hediye Erdjument-Bromage， Paul Tempst， and Danny Reinberg. （2005） Mono-Ubiquitination of Human Histone H2B： the Factors Involved and their Roles in Hox Gene Regulation. Molecular Cell. 20： 601-611

　　5.Bing Zhu， Subhrangsu S. Mandal， Anh-Dung Pham， Yong Zheng， Hediye Erdjument-Bromage， Surinder K. Batra， Paul Tempst， Danny Reinberg. （2005） The Human PAF Complex Coordinates Transcription with Events Downstream of RNA Synthesis. Genes Dev. 19： 1668-1673