研究生选拔方式直接关系到研究生生源质量和人才培养质量。为进一步深化研究生招生改革，逐步建立与国际接轨的研究生招生选拔机制，自2007年起，复旦大学医学院开始试行“申请-考核制度”。经过两年的探索，今年试点单位增加了
数学科学学院、物理系、化学系、生命科学学院、公共卫生学院、药学院、放医所等9个院系。“申请-考核制度”试行两年来收效显著。
一、医学院先行试点，为“申请-考核制度”的建立与铺开积累经验
2007年，学校在医学院博士生招生中先行引入“材料审核制度”。根据相关规定，考生在参加学校统一招生考试的同时，需提交硕士学位论文全文、本科和硕士阶段课程成绩单、拟攻读博士学位的科学研究计划书、两位具有正高级职称的专家所出具的推荐信等材料，供学院评审专家组参考。专家组依据初试成绩及书面申请材料，按照一定权重，提出差额
复试候选人名单，并报校招生领导小组审批。复试包括笔试和面试，由各附属医院组织。参加复试的专家不少于3名，每名候选者复试时间不少于1小时。
2008年，医学院在首年试点的基础上，进一步深化改革：初试只考一门外语，基础课和专业课的考试放在复试时进行。继续采用申请材料评审制，依据考生的公共外语成绩及申请材料综合评估的结果，确定差额复试名单。复试按照系(学科)进行，不再由各行政单位组织。
经过两年的探索，复旦大学研究生招生机制改革的内容基本明确，制度变革的理念在校内各院系间得到认同，为“申请-考核”做法的铺开营造了氛围、取得了共识、积累了经验。
二、“申请-考核制度”的核心进一步明确
“材料审核制度”作为“申请-考核制度”的前期尝试，为招生制度的完善提供了基本的架构。经过两轮运作，“申请-考核制度”的核心已经比较明确：
“申请-考核制度”的组织方式是：分申请和考核两个环节，申请环节在考试之前，由考生向报考单位提交规定材料。报考单位组织专家对材料进行评审，确定申请人是否达到标准进入下一轮考核。考核环节相当于原来的笔试和面试。
“申请-考核制度”的实质是：第一，把博士招生的关注点，从书面考试成绩转向对考生实际科研能力的考察。第二，增加了二级单位的自主权，把生源的具体选择权下放给院系和学科。第三，赋予了导师在招生、培养、科研等方面更为全面的自主权，符合博士生的培养规律。
三、“申请-考核制度”将进一步扩大实行范围
4月8日，学校公布了2009年博士研究生入学考试考生的初试成绩，4月中下旬组织复试。据试点单位的反馈，今年招生情况令人满意。以物理系为例，往年招生名额往往“用不完”，而今年“不够用”，又申请增加了4个。
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