教育部、国家发改委5月21日公布2012年全国研究生招生计划，河海大学2012年共招收研究生2997名。其中博士研究生377名，全部为学术型；硕士研究生2620名，其中学术型1760名、专业学位860名。

为支持“千人计划”实施，积极推动协同创新，深入贯彻西部大开发战略，相关专项招生计划同时下达：“千人计划”专项博士生招生计划，河海大学招收博士生10名；高等学校与科研机构联合培养研究生试点工作专项招生计划，河海大学与中国水利水电科学研究院联合培养博士生6名，与南京水利科学研究院联合培养博士生8名、硕士生10名；“少数民族高层次骨干人才”研究生招生计划，河海大学招收博士生3名、硕士生25名；对口支援西部高校定向培养研究生招生计划，河海大学为新疆农业大学培养博士生4名、硕士生2名，为西藏大学培养硕士生1名。