理学院下设学院办公室、应用数学系、应用物理系、物理实验中心、数学综合专业实验室等。现拥有光学、光学工程、应用数学三个硕士点，有光学学科、物理电子学学科、理论物理学科、应用数学学科、计算数学（含图形学）学科、基础数学学科、大学物理教学团队、大学数学教学团队等8个学科（团队）。光学学科被评为省重点学科和校创新团队，应用数学学科被评为校级重点学科，物理实验中心为省级物理实验教学示范中心，在2007年被教育部、财政部列为国家级实验教学示范中心建设单位，成为浙江省唯一的物理类国家级实验教学示范中心，基础物理系列课程教学团队被教育厅评为省级教学团队。拥有大学物理实验、高等数学、大学物理三门省级精品课程。学院现有教职员工99人，其中教授11人，副教授41人，博士（后）40人，全国百篇优秀博士论文获得者1人。聘请中科院院士、长江学者等知名专家为兼职教授，与中科院院所及国内外许多大学保持良好的学术交流与合作。
学院在本科生教学中注重夯实学生的数理基础，致力于把学生培养成为既具有良好的数学物理基础，又注重工程实践能力与信息科学的结合，具备在信息与计算科学、应用数学、应用物理学、光信息科学与技术等领域从事科学研究、软件设计及技术开发的能力，能在科技、教育和高新技术产业等方面从事科学研究、教学、应用开发和管理工作的高级复合型专门人才。光学硕士点的研究方向为激光物理及技术、光电子技术、玻色-爱因斯坦凝聚和原子激光理论等三个方向；光学工程硕士点的研究方向为激光理论与技术、激光加工工程、光电子技术及光通讯器件等三个方向；应用数学硕士点的研究方向主要在动力系统与微分方程、小波分析、信息处理与计算机图形学等三个方向。学生毕业后，就业渠道宽广，发展前景良好。毕业生可以进一步攻读更高层次学位，也可以出国或高层次就业。
学院近年来承担了国家自然科学基金、全国优秀博士论文专项基金、教育部留学归国基金项目、中国与乌克兰政府间科技合作项目、浙江省自然科学基金、浙江省科技厅项目等，合作承担了国家科技攻关计划等近30项省部级及以上项目。发表学术论文数百篇，被三大索引（SCI、EI、ISTP）收录论文100余篇。2001年、2005年、2009年连续三届获浙江省教学成果一等奖，获浙江省政府科技进步三等奖、浙江省高等学校科研成果一等奖、二等奖和三等奖多项；近三年获得17项中国发明专利和实用新型专利授权。精心组织指导学生参加国际、全国大学生数学建模竞赛，2006年获国际大学生数学建模竞赛特等奖，2006年以来获省级以上奖项71项，其中国际二等奖以上12项，全国一、二等奖12项，竞赛成绩名列全省高校前列。学院十分重视学生的基本理论和基本技能的培养，强化学生的创新意识和对学生的精英意识教育，近年来我院毕业生出国留学，保送、录取国内研究生比例稳定在近30%。
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