南开微生物学科具有悠久的历史，1955年在真菌学家周与良先生的带领下，南开成立了微生物学专业，是国内最早的同类学科之一， 1993年随生命科学院的成立升格为微生物学系。经过50余年的努力，南开微生物学系在教学和科研方面都取得了丰硕的成果，在国内外享有很高声誉。微生物学科是国内最早设立博士点和博士后流动站的微生物学科之一，并于2001年成为国家重点学科，目前已建成实力雄厚、门类齐全的综合性学科。
南开微生物学系荟萃了众多国内外知名专家学者，现有教授20余人，组成以长江学者和教育部“新世纪优秀人才”为骨干的中青年学术创新团队。进入新世纪以来，本学科取得了飞越发展，过程分析平台和微生物菌种资源保藏等公共平台。学科已获得“教育部微生物功能基因组与检测技术工程研究中心”和“教育部分子微生物学与技术教育部重点实验室”立项，建成了天津市微生物功能基因组学和芯片技术重点实验室。微生物学系将继续保持快速发展的良好势头，力争早日建设成国际高水平一流学科。
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