建院初期，中国农业科学院科研机构的布局与设置是：应用基础研究、基础工作、综合性作物与畜禽、经济管理、情报信息等研究所，一般设在北京，而专业性作物或畜禽的研究所，一般设在主产区，如蚕业所设在江苏镇江，花生所设在山东莱阳，麻类所设在湖南沅江，棉花所设在河南安阳白壁乡等。

　　1957年建院时，中国农业科学院设有17个科研机构。即：设在北京的作物遗传育种研究所、植物保护研究所、土壤肥料研究所、畜牧研究所、农业原子能利用研究室和农业气象研究室；设在京外的棉花研究所、西北畜牧兽医研究所、南京农业机械化研究所、蚕业研究所、哈尔滨兽医研究所；设在各大行政区的东北农业科学研究所、华东农业科学研究所、中南农业科学研究所、华南农业科学研究所、西南农业科学研究所、西北农业科学研究所。

　　1958年，中国农业科学院科研机构为20个。其中，新增建了9个研究所，下放了6个大区研究所。新建所有：兴城果树研究所、杭州茶叶研究所、辽宁柞蚕研究所、兰州中兽医研究所、江都家禽研究所、莱阳花生研究所，还有设在北京的蔬菜研究所、养蜂研究所、农业经济研究所。

　　1959年，中国农业科学院科研机构增至34个。即新建了14个研究所：徐州薯类研究所、沅江麻类研究所、呼兰甜菜研究所、长沙养猪研究所、邓县黄牛研究所、南宁水牛研究所、左家毛皮兽研究所、新乡农田灌溉研究所、南京农业遗产研究室、北京农业机械化研究所、吉林大豆研究所、黄羊镇养羊研究所、益都烟草研究所、安徽沼气研究所。

　　1960年，中国农业科学院科研机构减至24个。除新建武昌油料研究所外，北京农业机械化研究所划归第八机械工业部，另有10个研究所下放地方，包括大豆所、花生所、薯类所、沼气所、养猪所、黄牛所、水牛所、家禽所、柞蚕所和养羊所。

　　1961~1962年，中国农业科学院有25个科研机构。其中，1961年新建了重庆柑桔研究所。

　　1963年，中国农业科学院有27个科研机构。即新建了广州水稻生态研究室、南京小麦品种资源研究室。

　　1964年，中国农业科学院科研机构为29个。即新建了内蒙古草原研究所、上海家畜血吸虫病研究室。

　　1965年，中国农业科学院科研机构发展到33个。即新建了院部仪器厂、院农场西昌试验站、河西走廊试验站、富裕牧场。同时南京农业机械化研究所划归八机部。

　　1966~1969年，中国农业科学院有33个科研机构。

　　1970年，在“不靠七千五，要靠七亿五”的错误思想指导下，中国农业科学院除保留原子能所、撤销农业经济研究所外，其余31个研究所全部被下放北京及全国十余个省市。1971年，中国农业科学院建制撤销，与中国林业科学研究院、中国水产科学研究院三家合并，成立中国农林科学院，连同农业部下放管理的两个单位在内，科研机构为7个。即：原子能所、林业研究所、林化产品研究所、生物研究所、情报室、中国兽医药品监察所、农业电影制片厂。

　　1974年，中国农林科学院新建了农业研究所、养猪研究所和兴城果树试验站，同时中监所、农影厂仍划出归农业部领导，科研机构为8个，直到1977年。

　　1978年，中国共产党十一届三中全会后，农林水三院各自恢复原建制，中国农业科学院科研机构恢复，有28个科研机构。即：原子能所、养猪所、情报所、生物所、品种资源所、作物所、蔬菜所、气象室、土肥所、植保所、畜牧所、养蜂所、甜菜所、哈尔滨兽医所、果树所、烟草所、蚕业所、血研室、遗产室、茶叶所、麻类所、油料所、柑橘所、棉花所、灌溉所、兰州兽医所、北京农机化所、草原所。

　　1979年，中国农业科学院科研机构增至32个。包括新建兰州畜牧所、郑州果树分所、农业自然资源与区划研究所、研究生院；恢复了中兽医所、农经所；院图书馆独立建制，同时，撤销养猪所，划出了北京农机化所、生物所。

　　1980~1981年，中国农业科学院科研机构为33个，包括1980年新建的生防研究室。

　　1982年，中国农业科学院又收回特产研究所，科研机构为34个。同年，上海家畜血吸虫病研究室升格为上海家畜血吸虫病研究所。

　　1983年，新建中国水稻研究所，机构增至35个，直至1984年。

　　1985年，新建中国农业科技出版社，科研机构为36个。

　　1986年，科研机构为37个，新建了生物技术研究中心。

　　1987年，情报所、院图书馆、农业科技出版社3个单位合并组建科技文献信息中心，科研机构减少2个，为35个。同年，蔬菜研究所更名为蔬菜花卉研究所。

　　1988~1989年，科研机构仍为35个。其中1988年养蜂所更名为蜜蜂研究所；1989年上海血研所更名为上海家畜寄生虫病研究所。

　　1990年，依据国家新闻出版署文件，中国农业科技出版社从文献中心分出独立建制，全院科研机构为36个。

　　199l~1995年，中国农业科学院科研机构一直为37个。其中，1991年新建了饲料研究所，1992年院批准设立了农业宏观研究室，1993年院批准成立了廊坊中试基地，这两个单位因故未统计在全院37个独立科研机构数内。

　　1996年，因中兽医所与兰州畜牧所合并组成兰州畜牧与兽药研究所，科研机构为36个。

　　1997年，农业部将其直属的南京农业机械化研究所、成都沼气研究所、天津环境保护科研监测所3个单位划归中国农业科学院领导，中国农业科学院科研机构达到39个。1998年科研机构数仍为39个。

　　1999年，遗产室划转给南京农业大学管理，加挂“中国农业科学院遗产室”的牌子。同年，生物技术研究中心改名为生物技术研究所。全院科研机构数为38个。

　　2000年，柑桔研究所与西南农业大学合并，以西南农业大学管理为主，加挂“中国农业科学院柑桔研究所”的牌子。全院科研机构数为37个。

　　2001年，农业气象所与生物防治研究所合并，组建“农业环境与持续发展研究所”，蚕业所并入华东船舶工业学院，加挂“中国农业科学院蚕业研究所”的牌子。同年，甘肃省草原生态研究所加挂“中国农业科学院草原生态研究所”的牌子。全院科研机构共35个。

　　2002年，土肥所与区划所合并成立农业资源资源与农业区划研究所，在原子能所的基础上成立农产品加工研究所，新成立农业质量标准与检测技术研究所。同年，江苏省家禽科学研究所加挂“中国农业科学院家禽科学研究所”的牌子，江苏徐州甘薯研究中心加挂“中国农业科学院甘薯研究所”的牌子。全院科研机构共35个。

　　2003~2006年，中国农业科学院科研机构数在改革中稳定在33个。其中2003年，品资所与作物所合并成立作物科学研究所；甜菜所并入黑龙江大学，以黑龙江大学管理为主，加挂“中国农业科学院甜菜研究所”的牌子。2005年，北京畜牧兽医研究所、哈尔滨兽医研究所、兰州兽医研究所和上海兽医研究所分别加挂中国动物卫生与流行病学中心北京分中心、哈尔滨分中心、兰州分中心、上海分中心的牌子。

　　中国农业科学院从1957年建院至2007年的50年间，科研机构大体经历了三起两落。

　　从1957~1959年，中国农业科学院科研机构从17个发展到34个；1960年精简下放，科研机构减少为24个。

　　1962年10月，中国共产党八届十中全会作出了关于加强农业和农业科学研究工作的决定，在党中央、国务院的直接关怀下，中国农业科学院科研机构逐步恢复，到1965年又发展到33个。1966年“文革”开始后，科研工作受到极大干扰，特别是1970年，在当时所谓依靠“七亿五”错误指导思想的影响下，中国农业科学院除原子能研究所的设备因无法搬迁而得以保留外，农业经济研究所被撤销，其余31个研究所均被下放北京市及京外十余个省市。全院7500多名职工只留下约600人，并被组成十多个“五七’科技服务队，分派到大寨大队等红旗点蹲点。与此同时，中国农业科学院与中国林业科学研究院、中国水产科学研究院合并，更名为中国农林科学院。

　　1978年，中国共产党十一届三中全会胜利召开，全党和全国的工作重心转到以经济建设为重心的轨道上来，农、林、水三院各自恢复建制。中国农业科学院的科研机构很快得到恢复与发展，到20世纪80年代基本稳定在35个，90年代末达到39个以上。2002年，根据上级有关部门的改革方案，中国农业科学院的部分研究所进行了转企、转为农业事业单位，或并入大学的试点，同时，中国农业科学院根据现代农业科技发展的需要，重组或新建了一些研究所，截至2006年底，科研机构数稳定在33个（见附表）。

　　附表 中国农科院科研机构沿革表

年份	科研机构数	年份	科研机构数	年份	科研机构数
1957	17	1974	8	1992	37
1958	20	1975	8	1993	37
1959	34	1976	8	1994	37
1960	24	1977	8	1995	37
1961	25	1978	28	1996	36
1962	25	1979	32	1997	39
1963	27	1980	33	1998	39
1964	29	1981	33	1999	38
1965	33	1982	34	2000	37
1966	33	1983	35	2001	35
1967	33	1985	36	2002	35
1968	33	1986	37	2003	33
1969	33	1987	35	2004	33
1970	1	1988	35	2005	33
1971	7	1989	35	2006	33
1972	7	1990	36	2007	33
1973	7	1991	37