南京大学哲学系的前身是中央大学哲学系，创立于1920年。1952年院系调整时撤销系建制，1960年恢复设立政治系哲学专业，1977年恢复哲学系，2000年在哲学系编制内设立宗教学系。本系另一源头为金陵大学哲学系。在数十年历史中，汤用彤、宗白华、方东美、唐君毅、牟宗三、殷海光、熊伟、潘菽、孙叔平、孙伯鍨等一批哲学大师和著名学者曾先后在本系任教。本系教师胡福明在1978年撰写的《实践是检验真理的唯一标准》一文在当时的思想解放运动中产生了历史性重大影响，并直接成为改革开放的理论先声。在数代学者的努力下，本系形成了既注重学科基础研究、又关注现实社会生活的优良传统，迄今已发展成为人才培养层次完备，师资力量雄厚，学科比较齐全，研究成就显著，在国内外有重要影响的哲学教学与研究基地。在近五年的哲学学科排名中，南京大学哲学系一直稳居全国前三名。
本系是我国首批获得博士学位授予权的哲学系之一。2002年成为哲学一级学科博士学位授权单位，下设马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、宗教学、科学技术哲学、东方哲学与宗教学等八个博士点和马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、宗教学、科学技术哲学七个硕士点，并设立涵盖上列所有学科的哲学博士后流动站。其中马克思主义哲学专业为全国重点学科，宗教学专业为江苏省重点学科。2008年哲学一级学科入选江苏省一级重点学科。本系教师还主持南京大学马克思主义理论一级学科博士点的建设工作。各学科层次亦均可接受访问学者、进修教师和海外留学生。
改革开放以来，本系在教学、研究和学科建设上取得了丰硕成果，其中既有在国内外处于领先地位或先进水平的基础理论成果，也有直接服务于经济社会文化发展的应用型成果。许多成果在国内外产生了广泛影响。现拥有一批学术造诣深厚，教学经验丰富，在海内外学术界有一定声望的老中青学者，已形成年龄与专业结构合理的学术梯队。
2000年以来，本系通过学科间优化组合、通力合作，承担了南京大学“创建世界高水平大学985工程”一期学科重点项目“哲学与当代中国的发展”、“儒释道与宗教学综合研究”和“现代西方哲学思潮研究”以及多项教学研究项目，研究条件有了较大改善，研究成果和学科建设取得了一系列重大进展。在985工程二期建设中，本系主持的“当代资本主义研究中心”和“宗教与文化研究中心”入选国家哲学社会科学创新基地，“马克思主义社会理论研究中心”入选教育部人文社会科学重点研究基地，带动了学科建设的整体发展。此外，本系还主持南京大学马克思主义研究院、中国文化研究院、中国哲学与宗教文化研究所、儒学与基督教比较研究中心、犹太文化研究所、旭日佛学研究中心、现代逻辑与逻辑应用研究所、科学技术与社会研究所、东方道德研究中心等科研机构的工作。
本系致力于加强对外交流与合作，聘请了多位国际著名哲学家为兼职教授，与国外及港澳台多所大学和研究机构建立了稳定的合作与交流关系，举办了多次有重要影响的国际或两岸学术会议。每年均邀请数十位海外知名学者来系访问讲学，并有数十人到国外或港澳台地区访问讲学或参加学术会议，取得了良好成效。
本系具有良好的教学、研究条件。系图书资料室藏书30万册（其中有《四部丛刊》、《中华大藏经》、《道藏》、《古今图书集成》等重要典籍），中外文期刊200余种，并和一些国家和地区的大学建立了紧密的资料交流。另设有现代化多媒体机房，可供师生直接在互联网上检索与阅读学术资料，并提供多媒体教学服务。
本系是南京大学文科基础人才培育基地之一，十分注重学生的全面素质和创新能力的培养，着眼于培育基础扎实、知识面宽、适应性强的复合型人才，实行课堂教学、学术活动、社会实践相结合的“三元”教学模式，全面提高学生的综合素质。在本科生培养方面，近年来进行了以夯实理论基础、拓宽知识面、加强逻辑思维训练、培养阅读能力、提高论辩素养、强调经世致用、革新教学手段、加强教材建设为指导思想的教学改革。在研究生培养方面，各专业均以“建设一流学科、培养一流人才”为宗旨，注重培养研究生的理论思维素养、探索创新能力和综合素质培育。在严格管理的前提下，鼓励研究生参予各种学术活动，以本系研究生为主体的“博士论坛”在校内外有着广泛影响。除学校设立的奖学金外，本系还通过对外合作，设立了周恩来奖、金箔奖、华藏奖、道教奖、殷海光逻辑奖等一系列专项奖学金。多年来，该系培养了一大批哲学及相关学科教学科研高级专门人才和管理决策人才。各层次毕业生均以其较强的思想理论素养和实际工作能力、高度的社会责任感和健全的心理素质而享有良好的声誉。
本系首任系主任由著名的“学衡派”领袖、时任副校长的刘伯明教授兼任，此后，汤用彤、宗白华、方东美、唐君毅、牟宗三、熊伟、孙叔平、夏基松、林德宏、张一兵教授曾先后任系主任，现任系主任为宗教学与中国哲学专家徐小跃教授。
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