东南大学计算机科学与工程学院的前身是东南大学计算机科学与工程系。为适应学科建设发展的需要，经学校研究决定，于2006年成立东南大学计算机科学与工程学院。本院拥有一支以博导15人、教授20人为核心的结构合理、精干的学术队伍。这支队伍中有长江学者特聘教授1人，教育部跨世纪、新世纪人才7人，江苏省跨世纪学术带头人4人，江苏省“333”工程中青年首席科学家1人，江苏省“333”工程科技领军人才2人，江苏省“333”工程技术带头人2人，教育部青年骨干教师4人，江苏省优秀青年骨干教师5人，江苏省优秀教育工作者1人，江苏省六大人才高峰2人，教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队一个，具有博士学位人数的比例为67%，整体实力强。
目前，东南大学计算机科学与工程学院拥有“计算机科学与技术”一级学科博士点，包括了“计算机应用技术”、“计算机软件和理论”、“计算机系统结构”和“图象处理与科学可视化”4个博士点和硕士点；其中“计算机应用技术”学科1994年被评为江苏省重点学科，在1996年、1998年和2000年历次评估中均被评为A级，1999年设立教育部长江特聘教授岗，2002年被评选为国家重点学科，2007年圆满通过国务院学位办组织的评估，成为新一轮的国家重点学科；2006年“计算机软件与理论”成为江苏省重点学科；2001年国家人事部批准建立了东南大学“计算机科学与技术”一级学科博士后流动站。目前一级学科“计算机科学与技术”是国家特色专业建设点、江苏省品牌专业建设点。
自1995年以来，本院承担的各类科研项目共300多项，其中包括国家自然科学基金、国家973、国家863、国家科技攻关、教育部和江苏省等重要科研项目100多项。在已取得的成果中，获得国际工业领先奖1项、国家科技进步奖8项、部省级奖20多项，有不少项目已取得了明显的经济效益和社会效益。在国内外著名的学术会议和学术期刊上发表论文1500多篇，其中SCI、EI、ISTP三大检索800多篇次。
本院建有 “计算机网络与信息集成”教育部重点实验室、“计算机网络技术”江苏省重点实验室、中国教育科研网华东（北）地区中心、国家863/CIMS“网络与数据库”工程实验室等一批实验基地，还建有东南大学CIMS技术中心、东南大学电子商务研究与开发中心、东南大学信息安全技术中心等交叉学科研究机构及医学影像与精确诊治研究中心。
经过近50年的建设，东南大学计算机科学与工程学院形成了以计算机网络和数据库技术研究和应用为龙头带动整个学科发展的特色，在学科地位、科研水平、教学质量、人才培养等方面居国内前列，2005年“计算机应用技术”学科列全国第五，中国研究生教育排行名列第八。2007年“计算机科学与技术”学科名列全国第14名。“计算机教学实验中心”成为国家及江苏省教学实验示范中心建设点，成为国内具有明显特色和较高学术水平的计算机院系。
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