青藏高原研究所是根据国家经济社会发展重大战略需求，面向世界科学前沿，按照新的体制和模式，经院党组决定，新组建的研究单元之一。2003年3月3日，中科院正式任命了青藏高原研究所的领导班子成员，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立。
青藏高原研究所是“一所三部”，三个部分别设在北京、拉萨、昆明。北京部的主要功能是建立高水平的实验室和开展室内科研工作，以及提供便利的国际学术交流舞台，吸引国内外一流研究人才，组建具有国际水平和创新能力的科研队伍；拉萨部的主要功能是野外实验研究、野外观测台站的运行和为西藏社会经济发展服务；昆明部的主要功能是开展极端环境下生命过程研究。
2003年10月，院人教局《关于下达2003年事业编制控制数的通知》（人教字〔2003〕43号）中核定了我所拉萨部及北京部的创新岗位编制数。2008年9月，中科院第十次院长办公会议审议并原则通过了“关于青藏高原研究所过去五年主要进展与今后发展战略的汇报”，认为青藏高原研究所的创新目标调整符合国家经济社会发展需求，将研究所的事业编制增加到150名。目前，研究所已逐步组建起了一支“立足高原，研究高原”的科研人才队伍。截至2008年底，青藏高原所共有在职职工142人，流动人员146人，进创新岗位人员111人。在职职工中，共有科研人员120人，科技支撑人员37人，包括中国科学院院士1人、正高级专业技术人员19人、副高级专业技术人员32人、中国科学院“百人计划”入选者6人、“国家杰出青年科学基金”获得者4人，项目聘用人员31人；流动人员中，共有客座研究员8人、访问学者2人。青藏高原所现有地理学、地质学、大气科学和地球物理学一级学科硕士、博士研究生培养点，并设有自然地理学二级学科博士后流动站；2008年共有在学研究生120人，其中博士生58人、硕士生62人，有在站博士后16人。
青藏高原研究所的研究方向是：围绕青藏高原隆升过程及其对亚洲和北半球气候环境影响这一核心科学问题，研究青藏高原地球动力、地表过程与环境变化和极端环境下生物的生态适应性及生物遗传资源等若干领域的国际前沿科学问题，做出独创性的、有重大国际影响的新成果，为适应和改善东亚地区人类生存环境服务。青藏高原研究所的主要任务是：受中国科学院委托，站在国家青藏高原研究重大科学问题需求的高度，组织围绕青藏高原研究的综合项目和计划，协调有关青藏高原研究的长期科研活动，有意识地促进各部门（单位）间优势力量的联合。调动国内外积极因素，充分利用现有资源，有力地推动青藏高原科学研究的发展。在支撑平台方面，加强数据采集平台建设，加强有特色、高水平的实验室建设，组建一支具有国际水平和创新能力的科研队伍，将青藏高原研究所建设成为开放型的、组织管理与国际接轨的国际一流水平的研究机构，逐步成为国际青藏高原研究的中心。科学目标是：通过第一手原始数据和国际前沿的研究手段，在青藏高原岩石圈结构与演化、青藏高原环境演变与全球变化、青藏高原地表与大气过程、生物遗传资源等方面形成原创性的具有重大国际影响的研究成果，持续产出有重要影响的研究论文，形成国际一流的科研团队，建成国际青藏高原研究中心。研究所还进一步明确了近期的主要科研任务；论证了全球变化与地球动力学野外监测平台建设实施计划；持续在前沿领域研究和综合研究方面取得重大进展。根据院《改进和完善各项人才计划的实施意见》文件要求及我所研究方向战略部署，研究所组建了环境变化与地球动力学等科学家小组，实现学科交叉，进行团队作战，促进成果产出。
青藏高原研究所的一大核心问题是构建起青藏高原多圈层、立体式研究的野外监测平台和有特色、高水平的实验分析平台。姚檀栋所长强调：青藏高原的研究必须是建立在“三高”的基础上，即大量高精度数据的观测、高分辨率信息的提取和高水平成果的产出。青藏高原野外台站网的布局以地球物理与地质、高分辨率记录与现代过程、高原大气三方面的观测台站为基础，在青藏高原建成北、南、中、东、西五个基本观测基地。目前，研究所设有纳木错圈层相互作用综合观测研究站、珠穆朗玛大气与环境综合观测研究站和藏东南高山环境综合观测研究站3个院级野外台站，阿里高原荒漠环境综合观测研究站和慕士塔格西风带气候综合观测研究站2个所级野外台站和中国科学院青藏高原环境变化与地表过程重点实验室、大陆碰撞与高原隆升实验室2个实验室。
青藏高原研究所自成立以来，坚定不移地贯彻执行院制定的办所方针，加强国际合作与交流。并在以下几方面取得了重要进展：
一、根据院长办公会议精神指示，瞄准国际化研究所的办所思路，积极、稳妥地进行学术合作副所长（Academic Co-Director）遴选工作，分别与美国、欧盟、日本等国家相关领域知名专家达成了共识。
二、路院长在德国进行高层互访时指示：在一开始便应该举行国际研讨会，使之更加国际化。研究所积极策划、举办由院与西藏自治区政府联合主办的“第四届青藏高原国际学术研讨会”。
三、推动“2＋2”方案，加快国际化研究所建设进程。即：德国马普学会（MPG）联系的科研机构的研究力量和德意志研究联合会（DFG）联系的大学为主的研究力量，与中国科学院（CAS）下属研究机构的研究力量和国家自然科学基金委员会（NSFC）联系的大学和其它部门的研究力量，通过国际合作项目的带动，实现国际团队的高水平研究。
四、完成了与美国、日本等国科学家多个国际合作研究项目的论证，并签署了科技合作协议。
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