中国科学院微生物研究所于1958 年12 月3日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。半个多世纪以来, 研究所已发展成为我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。现有在职职工人数430余人, 其中中国科学院院士6 人;在学研究生370人,在站博士后50人及部分客座人员。
以微生物所第一任所长戴芳澜院士以及邓叔群院士、阎逊初院士为代表的老一辈科学家, 是我国真菌学、放线菌分类学的创始人和奠基人,他们的研究成果和经典著作至今仍在微生物学界具有很高的权威性; 以方心芳院士为代表的老一辈工业微生物学家为我国微生物发酵产业作出了奠基性贡献。多年来, 我所科学家在植物病毒、医学与动物病毒以及免疫学研究方面在国际国内做出了自己的特色, 颇有造诣。
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