南京大学现代工程与应用科学学院（简称“南大工学院”）2009年开始筹建，2009年12月30日挂牌成立，2011年10月10日全面启动。工学院以南大物理、化学、材料等物质科学学科为基础，以南京微结构国家实验室（筹）为重要依托，抓住新产业革命的历史机遇，针对国家需求和学科前沿，针对国家目标和地方经济建设需求，扬长避短，发展现代工程技术，尽快占领新一代朝阳产业的“制高点”，发展具有鲜明特色、面向未来的新型工程与应用科学学科。工学院的创建，正是南京大学落实进一步优化学科结构，努力建设世界一流大学的战略性举措。