1999年7月，云南大学在原马列部和政治学与行政管理学系的基础上，组建了公共管理学院，形成了马列部与公共管理学院一套班子、两快牌子，既负责专业课教学又负责全校思想政治理论课（以下简称"思政课"）教学的格局。为了适应形势的需要和加强对大学生思想政治教育的管理工作和学位点建设，2003年4月，云大马列部与公共管理学院分立，成为一个独立的院级教学机构。2005年12月，云大党委决定在马列部的基础上筹建云南大学马克思主义研究院，2008年4月正式组建马克思主义研究院，不再使用原名称。

　　长期以来，云大马克思主义研究院承担全校本科生、硕士生、博士生的“思政课”学工作，是云南省高校“思政课”教学和科研的重要基地和云南省高校"思政课"教师培训中心。

　　云大马克思主义研究院现设：马克思主义基本原理概论教研室、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论教研室（含当代世界经济与政治教研室）、中国近现代史纲要教研室、思想道德修养和法律基础教研室、形势与政策教研室、研究生工作办公室。马克思主义研究院现有专职教师34名，其中教授10人，副教授15人，博士生导师4人，硕士生导师24人，讲师12人，行政及教辅人员5人。其中，专职教师中获得博士学位6人，在读博士4人，获得硕士学位的16人，硕士以上学历的教师占专职教师的77%（截至2007年底统计）。马克思主义研究院行机构有：院（部）办公室、研究生工作办公室、资料室。

　　云大马克思主义研究院现设有8个硕士点、3个博士点和2个研究中心（截至2005年底统计）。8个硕士点分别是：马克思主义一级学科（含5个二级学科专业）、科学社会主义与国际共产主义运动、马克思主义民族理论与政策、中共党史党建。3个博士点分别是：马克思主义民族理论与政策、科学社会主义和国际共产主义运动、思想政治教育，并挂靠中国近现代史博士学位授权点建设和招生。博士导师：陈国新教授、任新民教授等，云南省社科院院长纳麒教授任兼职博士生导师；另有陈征平教授担任人文学院中国近现代史方向博士生导师。此外，云大马克思主义研究院还开设有“马克思主义民族理论与政策”专业方向之“高校教师在职攻读硕士学位研究生班”，面向全国招收普通高校和高职高专学院的思想政治理论课教师攻读硕士学位。“思想政治理论”专业方向之“高校教师在职攻读硕士学位研究生班”的申办工作正在进行中。

　　云大马克思主义研究院现有全日制硕士研究生80余名，博士研究生11名，在职研究生35名（截至2005年底统计）。此外，云大马克思主义研究院还开设成人教育函授本、专科三个专业，分别是：马克思主义理论与思想政治教育专业（本科）、人力资源管理专业（专科）和法学（专科）。

　　云大马克思主义研究院现设3个研究中心，即“云南省高校邓小平理论和‘三个代表’重要思想研究中心”、“云南省社会发展调查研究中心”、“云南省高校思想政治课教师培训中心”。

　　云大马克思主义研究院坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论为指导，紧跟时代和社会主义建设的发展，密切结合当代大学生的思想实际，不断地探索高校“思政课”教学的新途径，在教学改革研究，特别是信息技术与思想政治理论课整合的实践方面取得了重要的成绩，18个项目或人次获得各级部门优秀成果奖，优秀教学奖、优秀课程奖、优秀教材奖等。在科研方面，近3年来，马克思主义研究院教师共主持国家社科基金2项，其中一项为国家重点课题，主持省、部级科研课题4项，校级科研课题4项，出版专著和教材计近40余部，在国家级、省部级学术核心刊物发表学术论文计200余篇（截至2005年底统计）。

　　云大马克思主义研究院在落实中宣部、教育部关于“思政课”课程设置新方案中，围绕邓小平理论和“三个代表”重要思想“三进”工作目标，努力提高“思政课”教师的基本素质和教学能力，在积极开展教学改革和创新方面走在云南高校省的前列。2005年底，云大马克思主义研究院作为西部地区高校中唯一被中宣部和教育部遴选为全国十所“思政课”新课程改革试点高校。