中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，主要承担分院系统各单位领导干部队伍建设和江苏、江西两省的院地合作工作。1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处，1969年撤消，全部业务交江苏省科技主管部门管理。1978年11月，经批准建立中国科学院南京分院。
南京分院系统现有九家法人研究机构：紫金山天文台、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所、南京中科天文仪器有限公司、筹建中的苏州纳米技术与纳米仿生研究所和苏州生物医学工程技术研究所，以及江苏省和中科院共管的植物研究所。南京分院系统拥有国家级和省部级重点实验室3个，中科院重点实验室6个（筹建中1个）。建有野外工作台站16个（筹建中2个），其中国家重点台站5个。目前已在20多个学科领域、30多个专业形成了综合研究开发优势，在许多研究领域取得了突出成绩。
截至2008年底，南京分院系统共有在职职工1523人，科技人员1054人，具有高级职称的科技人员482人，两院院士10人，杰出青年科学基金获得者21人，中科院“百人计划”入选者40人，国家百千万工程入选者11人，江苏省“有突出贡献中青年专家”入选者15人。
南京分院系统各研究所设有硕士学位培养专业点13个、博士学位培养专业点8个。2008年在读研究生742名，其中硕士生418名、博士生 324名。
院省（地）合作工作成效显著，技术水平和产业层次不断提高，形成了与经济发展布局和需求相适应的区域性特色。南京分院协调和促成中科院与江苏省常州、泰州、扬州、南京和苏州市共建了5个应用技术研发与产业化中心，中科院的研究所与江苏省地方政府共建了40多个成果转移转化平台，在过去的4年中，共引进院属研究所的近千个项目在地方转化。2008年，中科院在江苏合作的项目为地方新增销售额已经突破200亿元，为区域经济和社会发展提供了强有力的科技支撑。
南京分院系统各单位现编辑出版相关学术刊物10多种，其中两英文刊物已被SCI收录，《PEDOSPHERE》作为我国土壤科学唯一的一份英文学术期刊已被收录为SCI源刊，《Chinese Astronomy and Astrophysics》（CAA）已进入SCIE行列。
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