水利部中国科学院水工程生态研究所（原水利部中国科学院水库渔业研究所）成立于1987年，为水利部和中国科学院双重管理的科研事业单位。现有在职职工150人，其中具有博士和硕士学位54人，研究员（教授级高工）16人、副研究员（高级工程师）25人。设有4个管理部门，4个科研部门， 3个技术支撑与咨询服务部门。水工程生态研究所是国际河流科学学会理事成员和世界鲟鱼保护学会理事成员、湖北省环境科学学会第三届理事会常务理事单位，是中国水利学会水生态专业委员会的挂靠单位，出版学术性双月刊《水生态学杂志》。
根据国家有关法律法规和长江委的授权，水工程生态研究所主要承担流域（区域）水生态保护规划和水生态监测系统规划的编制工作，承担流域内主要区域的水生态监测、调查和基础数据的收集、分析与评估，编制主要河流水生态状况报告，负责流域水生态状况监测数据系统和数据规划体系的研究，编排相关的技术规程、规范，开展水生态保护有关的新技术示范与推广，开展水工程建设生态学影响的实验研究、重要工程建设的生态学效果影响评估、关键水生生物物种及资源的保护对策研究、过鱼设施及人工湿地等生态恢复措施的研究与示范、生态水文学的理论研究等工作。
目前，研究所建有分子生态学、鱼类驯育、鱼类行为学、过鱼设施等专门实验室，在国内率先拥有了在室内研究、测试鱼类克流和翻越障碍能力的实验条件。在宜昌中华鲟自然保护区建有野外观测试验站。正在建设水生态与生物资源试验基地。
研究所承担了国家自然科学基金重大项目、科技部国际合作计划重大项目、国家水专项以及水利部、环保部、农业部、三峡办和湖北省重大科研项目或课题，参与了葛洲坝、三峡、南水北调等大型水利工程建设对生态环境影响的论证与研究，开展了中国河流和水库水生生物资源调查和一些关键淡水水体生态恢复的研究工作。研究所近10年的野外调查研究以长江流域和西南诸河为主，足迹遍布我国的各大流域及其相关的湖泊、水库，掌握了大量的基础资料，初步建立了针对我国不同流域特点的水生态调查、评估体系，在鱼类增殖放流站、过鱼设施的设计和建设、珍稀鱼类驯育、分子生态学、鱼类性控育种、水域生态状况评价、水电工程建设的生态保护规划等相关学科领域具有优势，在珍稀鱼类的分子生态学以及生态水文学等领域享有一定的国际声誉。
建所以来，已完成项目130余项，现有在研各类重大重点项目160余项。获得省部级以上奖励25项；申报并获得专利8项。与十多个国家开展学术交流与科技合作，并举办5期水生态讲坛。
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