中国科学院合肥物质科学研究院（以下简称合肥研究院）是中国科学院在安徽设立的一个综合性科研基地和人才培养基地。合肥研究院位于合肥市西郊风景秀丽的蜀山湖畔的董铺岛上，面积2.65平方公里。岛上三面环水，绿树成荫。江泽民总书记1998年莅临视察时对这里的科研环境给予了很高的评价，并欣然题词“科学岛”，由此科学岛成为合肥研究院的别名。胡锦涛总书记2008年来岛视察时，对科学岛科技人员的自主创新能力给予了充分肯定，鼓励大家不断提高自主创新能力，始终把握发展的主动权，增添发展的新优势。
合肥研究院下属研究机构有安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所、合肥智能机械研究所、强磁场科学技术中心，另外和安徽省共建了安徽循环经济技术工程院，以推动产业研发。中国科学院在合肥研究院部署的主要学科有等离子体物理与磁约束核聚变、强磁场科学与技术、材料物理与纳米技术、大气光学与遥感、环境光学与技术、仿生感知与智能系统、激光材料与技术、超导电工与节能应用、离子束生物工程、智能农业信息技术、太阳能材料与工程等。
随着科研事业的发展，合肥研究院建成了20多个装备优良的实验室、研究中心和10多个大型技术物理实验平台，包括国家“863”计划大气光学、智能机器人传感技术、中科院材料物理、离子束生物工程、安徽省环境光学监测技术等9个国家或省部级重点实验室，拥有我国第一台超导托卡马克HT-7实验装置，自主设计、研制了世界上第一台非圆截面全超导托卡马克实验装置，是中国主要的核聚变研究基地之一，也是世界实验室在我国设立的核聚变研究中心。
合肥研究院现有在职职工1800余名，其中专业技术人员1400多人。在现有的220多名研究员中，有院士、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、杰青、国家“973”计划首席专家、国家“863”计划专家和大科学工程专家、“千人计划”和 “百人计划”入选者等130余人。形成等离子体物理、纳米材料等多个创新团队和973团队。
合肥研究院设有等离子体物理、核聚变工程、材料物理、光学、大气物理与大气环境等7个博士学位授予点、18个硕士学位授予点和5个博士后流动站，是国家研究生重点培养单位，目前在学博士、硕士研究生1200余名。
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