中国科学院上海分院是中国科学院的派出机构，负责联络协调中国科学院在上海、浙江、福建的研究院所。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。
上海分院系统现有13个法人研究机构：上海微系统与信息技术研究所、上海技术物理研究所、上海光学精密机械研究所、上海硅酸盐研究所、上海有机化学研究所、上海应用物理研究所、上海天文台、上海生命科学研究院、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所，还有筹建中的中科院上海高等研究院。上海分院系统有12个国家重点实验室、8个中科院重点实验室，以及中国科学院上海教育基地、中国科学院上海国家技术转移中心、中国科学院上海交叉中心。
上海分院系统各研究所的主要研究领域为物质科学与高新技术，包括信息技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术、同步辐射、核科学与核技术、有机化学与有机材料，无机非金属材料和金属材料、天体测量、天体物理学和天体力学，等；生命科学与生物技术，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术，等。
上海分院系统现有一支万余人的科研、管理和支撑队伍，其中固定人员7000多人，流动人员5000多人。直接从事科研的专业技术人员4900多人，其中高级研究人员1800多人。有中国科学院院士52人，中国工程院院士12人，国家973首席科学家20人，国家重大科学计划首席科学家11人，杰出青年科学基金获得者103人，杰出青年科技创新群体13个。
上海分院系统各研究所设有硕士学位培养专业点58个、博士学位培养专业点49个，博士后科研流动站20个。2008年在读研究生4711名，其中硕士生2220名、博士生2491名，另有在站博士后241名。
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