山西医科大学基础医学院的前身是基础医学部，始建于1958年，1999年更名为基础医学院。目前，在山西医科大学办学方针的指导下，基础医学院以教学为中心、科研为动力、开发为补充，相互促进，不断发展，成为山西医科大学一个学科门类齐全，专业设置合理，教学科研同步发展的基础医学教育和科研的重要基地。现有教职工226人，其中教师156人，实验技术人员64人，专职管理人员6人。教师中教授25 人，副教授37人，讲师55人，助教39人；博士生导师13人，硕士生导师48人；教师中有52人具有博士学位，90人具有硕士学位，占教师总数的91 %。实验技术人员中高级实验师22人，实验师19人，助理实验师23人。
学院下设1个生理学系和数学教研室、物理学教研室、化学教研室、细胞生物与遗传学教研室、人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生物化学与分子生物学教研室、病理解剖学教研室、寄生虫学教研室、微生物学与免疫学教研室、病理生理学教研室、药理学教研室等12个教研室。7个院管教学实验室分别为：机能学实验室、形态学实验室、化学实验室、医用物理学实验室、人体解剖学实验室、生物化学与分子生物学实验室、微生物学与免疫学实验室，其中机能实验室和生物化学与分子生物学实验室为山西省高校基础课示范实验室。5个研究所分别为：生理学研究所、肝病研究所、医学寄生虫学研究所、基础医学研究所、中医药研究所。
学院现有生物学博士后流动站1个，博士学位授予点1个、一级学科硕士学位授予点2个、二级学科硕士学位授予点12个。其中，生理学为国家重点学科；生物化学与分子生物学为山西省重点建设学科，药理学为山西省重点扶持学科。此外还拥有细胞生理学省部共建教育部重点实验室、细胞生理与分子基础省级重点实验室，山西省新药工程技术研究中心等。
1993年我院参与筹建了中国高等教育学会基础医学教育分会，并创办了《基础医学教育》杂志，后更名为《山西医科大学学报（基础医学教育版）》，杂志的创办为全国高等医学院校基础医学教育工作开辟了一个交流的窗口。
2000年，基础医学院被山西省教育工会授予山西省第六届“育人杯”先进集体；2003年，基础医学院工会被中华全国总工会授予“模范职工小家”的光荣称号；2005年，基础医学院被评为山西医科大学第八届“育人杯”先进集体；2006年，获得山西医科大学治安消防安全工作一等奖；2007年荣获第六届教职工唱歌比赛一等奖；2007年，被评为山西省教育系统先进集体。
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