基础医学院是北京中医药大学历史最长、规模最大的教学科研单位，其前身为北京中医学院中医系，创建于1956年。1980年经卫生部批准成立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制，1985年更名为中医基础医学部。1996年1月经教育部批准正式改名为北京中医药大学基础医学院。2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，同时成立了新的北京中医药大学基础医学院。

　　自创办之日起，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在基础医学院执掌教席，使这里成为全国乃至全世界中医药学术的权威学府。半个世纪以来，学院培养了一大批功底深厚、才华出众的医界精英，如著名的中医药学家刘渡舟、任应秋、赵绍琴、王绵之、程士德、王玉川等，他们在中医学理论研究、临床研究等各个领域取得了丰硕的成果。

　　学院现有教职工245人，其中教授51人，副教授61人，博士生导师39人，硕士导师66人。学院下设9个系、5个研究中心、2个实验中心，拥有中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中西医结合基础、中医临床基础、中医医史文献6个国家级重点学科，拥有伤寒学、中医基础理论、中西医结合基础、中医诊断学4个国家中医药管理局重点学科，拥有中医临床基础和 中医医史文献2个北京市重点学科，博士、硕士学位授予点各7个，2个博士后流动站，3个局级重点实验室，3个校级重点实验室，其综合实力在全国同类学院中名列前茅。

　　进入21世纪，学院秉承“勤求博采、厚德济生”的校训精神和50年来形成的优良学术传统，在办学理念、人才梯队、技术平台等方面与时俱进，与北京中医药大学同发展，与中医事业共辉煌。