中国科学院地理科学与资源研究所（以下简称地理资源所）于1999年9月经中国科学院批准，由中国科学院地理研究所(前身是1940年成立的中国地理研究所)和自然资源综合考察委员会（1956年成立）整合而成。
地理资源所战略定位是：通过对陆地表层系统中物质流、能量流、人流和信息流的综合分析，研究在自然和人类活动共同影响下陆地表层系统中物质与能量的空间分布格局、迁移转化规律与形成演化机理，及其与人口、资源、环境、区域发展间的相互作用机制；揭示地球表层系统和人地系统动态机制及各组成要素间相互作用机理；发展以地球信息科学与技术为基础的陆地表层系统与人地系统综合集成研究方法。与此同时，在地理科学与资源科学基础理论和方法论的支持下，以人口、资源、环境和经济协调发展为目标，瞄准国家资源环境安全、生态建设和区域可持续发展等重大国家需求，在资源持续利用、环境整治、区域可持续发展、生态系统优化管理、地球信息与数据集成及信息共享等领域，开展综合性的基础与应用研究，重点解决国家在可持续发展战略实施过程中面临的相关重大问题，为政府决策提供科学依据。
地理资源所确立了7个重点学科领域，包括自然地理与全球变化研究、人地系统与区域发展研究、自然资源研究、地球信息机理与系统模拟、陆地水循环与水资源安全研究、生态系统综合研究、农业政策研究。根据学科布局，研究所科研组织体系由3个研究部、3个重点实验室和1个研究中心构成，即自然地理与全球变化研究部、人文地理与区域发展研究部、自然资源与环境安全研究部、资源与环境信息系统国家重点实验室、陆地水循环及地表过程重点实验室、生态系统研究网络观测与模拟重点实验室、农业政策研究中心，在其体系内组建有26个学科团队（研究室、中心、站）。
截至2009年底，地理资源所共有在职职工572人，流动人员1007人，离退休人员534人。在职职工中，其中科技人员310人、科技支撑人员79人，包括中国科学院院士4人、中国工程院院士3人、第三世界科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员118人、副研究员及高级工程技术人员166人，中国科学院“百人计划”入选者24人，国家杰出青年科学基金获得者16人；全所进入创新岗位人员389人。流动人员中，有高访客座人员47人，项目聘用人员194人。
地理资源所是国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予单位之一。现有地理学一级学科与自然资源学、生态学、环境科学和农业经济管理4个二级学科博士研究生培养点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源学、生态学、气象学、环境工程、环境科学和农业经济管理学科硕士研究生培养点，并设有地理学和生物学（生态）一级学科博士后流动站。现有研究生导师183人（其中博士生导师76人、硕士生导师107人），在学研究生635人（其中博士生398人、硕士生231人、外国留学生5人、台湾籍学生1人），在站博士后126人。
2009年，地理资源所共有在研项目657项。其中国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、课题10项，中国高技术研究发展计划（863）项目1项、专题课题18项、重点项目课题5项，国家科技支撑计划课题31项，国家科技基础性工作专项项目2项、课题4项，国家科技重大专项2项，国家自然科学基金重大项目1项、重点项目11项、面上项目116项、“杰出青年基金”项目4项，中国科学院知识创新工程重大项目1项、重要方向项目27项、其他项目16项，国家科学技术部农业科技成果转化资金项目1项、国际合作项目5项，经费在100万以上的其他国际合作项目14项，国家部委委托项目8项，与地方政府合作项目20项。
2009年新增项目219项。其中国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、课题5项，国家科技支撑计划课题5项，中国高技术研究发展计划（863）专题课题1项，国家科技重大专项2项，国家自然科学基金面上项目46项、“杰出青年基金”项目1项，中国科学院知识创新工程重要方向项目13项、其他项目5项，国家发展与改革委员会电子政务项目1项，经费在100万以上的国际合作项目3项，与地方政府合作项目11项，另有一批部门、地方及国际合作项目等。
2009年，地理资源所主持完成的“中国 1:100 万数字地貌图研究及其应用”获国家科技进步二等奖，该成果建成国际上第一个国家级地貌数据库共享系统，并出版《中华人民共和国地貌图集（1:100万）》；“中国地域空间开发的理论体系研究及重大规划实践研究集体”获中国科学院杰出科技成就奖；另获得国家及省部级奖励5项。
在国内外发表论文900余篇，其中，SCI 和SSCI刊物收录论文230余篇、EI及ISTP论文70余篇。出版科研著作40部。主持和参与起草国家标准及行业标准5项。申请专利49项，获授权发明专利5项。完成55项软件著作权登记。新增在研转移转化项目42项，已转移转化项目21项。与重庆市发展与改革委员会等8家地方政府签署了科技合作协议。《中科院院士关于警惕借各类“新区”建设规划之名实施大规模“造城”的建议》等34份咨询报告得到党和国家领导人重要批示或被中共中央办公厅、国务院办公厅刊物采用。
孙鸿烈院士获“全国野外科技工作突出贡献者”称号，苏奋振、梁涛研究员获第十一届中国青年科技奖，李栓科研究员入选新中国60年百名优秀出版人物，王金霞研究员获得国家自然科学基金委员会杰出青年科学基金资助。《地理学报》荣获“中国科协精品科技期刊”称号、“中国百种杰出学术期刊”奖。
2009年，地理资源所国际交流与合作进展良好。派出参加各类国际交流合作活动人员358人次，接待外国科学家347人次，主办6个国际研讨会和3个两岸会议，新争取国际合作项目30个。国际型人才引进和推出工作初见成效。获得中国科学院“外国专家特聘研究员计划”和“外籍青年科学家交流计划”的资助，先后2批引进7位外籍研究员和3位外籍青年。孙鸿烈院士获意大利马约拉纳和平奖，李召良博士荣获法国功勋金质奖章，夏军研究员当选国际水资源协会（IWRA)主席（2010-2012年），这是IWRA历史上中国学者首次当选主席一职。
地理资源所是中国地理学会、中国自然资源学会和中国青藏高原研究会的挂靠单位。国际地圈生物圈计划中国全国委员会秘书处、国际全球环境变化人文因素计划中国国家委员会秘书处、全球碳计划亚洲区域办公室和全球土地计划北京节点办公室等12个国际组织或科学计划的相关分支机构设在该所。主办的刊物有《地理学报》（中、英文版）、《地理研究》、《地理科学进展》、《自然资源学报》、《资源科学》、《地球信息科学》、《中国地理与资源文摘》、《中国国家地理》、《资源与生态学报》英文版等。
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