中国科学院自然科学史研究所是以科学技术史为学科基础的科学与人文多学科交叉的综合性基础研究机构，是中国最具有权威性的、有独特贡献的国家级科学技术史专门研究机构，也是高水平科技史专门人才和相关的复合型人才的培养基地；该所已发展为在国际上享有崇高声誉的科技史研究中心，成为我国科学技术发展的基础性建制，国家科学思想库的重要组成部分。
建所五十余年来，自然科学史研究所共编辑、撰写和出版学术专著及相关文集300余部，发表学术论文7000余篇，曾获得近20余项国家和中国科学院自然科学奖，多项部委科技成果奖以及中国图书奖。研究所在中国数学史、天文学史方面的研究有数十年的历史，在国际科技史界享有巨大声誉。近年来，研究所积极组织力量和资源，推动在西方科学技术史、中外科学技术交流与比较以及科技政策方面的研究。
自然科学史研究所在科学技术史（理科一级学科，二级学科，科学史、技术史、医学史与生命科学史、科学技术与社会、科技考古）和科学技术哲学（哲学二级学科）均设有硕士学位和博士学位授予点，所内外共有近20余位博士生导师参与招生，每年招收博、硕士研究生各十名左右。在科学技术史方面，现设有科学史、技术史、医学史与生命科学史、科学技术与社会、科技考古五个二级学科；诸二级学科下还设有中国古代科学技术史、中国近现代科学技术史、西方科技史和科技战略等研究方向。在科学技术哲学方面，设有科学哲学、科学文化现象研究、科学技术与社会、科学体制化研究等研究方向。
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