伴随着清华大学土木水利学院的成立，清华大学整合了原土木工程系和水利水电工程系工程管理学科的教学科研力量，于2000年4月18日成立了建设管理系。建设管理系的成立，适应了中国建设事业飞速发展和开拓国际建设市场的过程中，对高级工程管理人才的需要，也使清华大学土木水利学院完成了从“工程技术”到“工程技术与工程管理”的学科发展战略布局的转变。
建设工程与项目管理和房地产经济与管理是建设管理系覆盖的两个主要学科领域。建设管理系与清华大学经济管理学院共享管理科学与工程一级学科博士和硕士学位授予权，设立有管理科学与工程博士后流动站和工程管理本科专业，建设管理系还有项目管理领域和建筑与土木工程领域工程硕士学位授予权并且是全国项目管理领域工程硕士教育协作组组长单位。
工程管理专业的前身是创建于1952年的建筑施工专业，1985年以建筑管理专业恢复本科招生，1999年调整为工程管理专业。在20年的发展过程中，已累计培养了15届、约450名本科毕业生，有120名在读本科生。
从1985年开始招收硕士研究生，专业名称经历了管理工程、建筑经济与管理、管理科学与工程的演变，至2005年12月，已有280人获得了工学硕士或工程硕士学位（其中工学硕士134人，工程硕士146人）。从1999年开始招收博士研究生，至2005年12月，已有4人获得了博士学位。2005年9月，建设管理系在读博士研究生25人、工学硕士研究生65人、工程硕士研究生120人。
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