西南民族大学前身为西南民族学院，创建于1950年7月，于1951年6月1日正式成立。

1951年6月1日，西南民族学院成立暨第一期开学典礼隆重举行。1952年初，学校拟订了《培养少数民族干部五年计划(1953-1957)初步方案》，确定在此期间，仍以培训政治干部为主，同时举办民族地区急需的专业技术班。4月15日，学校第一期学生518人举行了毕业典礼。

1954年，西南大区撤销，学校改由四川省领导。1955年，学校由新玉沙街迁至武侯祠附近的新校园，办学条件大为改善。1960年，学校发展成为本科为主、多学科、多层次并举的多科性高等学校，共设本科专业14个。在校学生达3000余人，教职工320多人。

1957年以后的反右等政治运动，使不少著名专家、教授被迫调离学校。1962年，为贯彻"调整、巩固、充实、提高"的方针，学校办学规模大幅压缩，在校生由3000余人降至1500余人。

1966年，学校停止招生，教学活动停顿。1968年，成立学校革命委员会。

1973年，学校恢复办学，各系(科)恢复了教研组建制和活动，迎来了恢复办学后的第一批学生，其中，四川学生148人，西藏学生160人。

1974年，全面恢复了系(科)专业设置，同年秋季，招收第一批少数民族"工农兵学员"共200名，分别学习汉语文、藏语文、数学、理化、畜牧兽医五个专业。

1979年2月，国务院决定，学校改由国家民委和四川省双重领导，以国家民委为主。

1986年，国务院学位委员会批准学校为硕士学位授予单位，中国古典文学、宗教学、动物遗传育种学、中兽医学首批4个硕士点于次年开始招生，共招研究生9人。

1994年，国家民委批准建立成人教育学院，1996年，成人教育学院正式挂牌成立。1999年，国务院学位委员会批准，学校被列为可开展同等学历人员申请硕士学位工作的学位授予单位。

2003年，经教育部批准，学校由"西南民族学院"正式更名为"西南民族大学"。经国务院学位委员会批准，学校增列为民族学博士学位授予单位，至此，学校已有民族学和中国少数民族经济两个博士点。

2008年，沉着应对"5.12"汶川大地震灾害，抗震救灾活动受到了国家民委、四川省的高度肯定。同年6月，新校区北区行政大楼投入使用，学校主体正式转移到新校区。

2009年，"青藏高原生态保护与畜牧业高科技研发基地"在四川省阿坝藏族羌族自治州红原县奠基动工。10月，学校获批设立民族学博士后科研流动站，标志着博士后教育实现了零的突破。

2010年，学校与中国建设银行四川省分行签署了战略合作协议，民族文化艺术创新实践研发基地正式揭牌。

2015年3月，国家民委与四川省人民政府签署协议共建西南民族大学。

2015年10月，国家民委和教育部决定共建西南民族大学。

2017年11月，学校获评第一届全国文明校园荣誉称号。