环境工程学科是隶属于环境科学与工程一级学科的二级学科。本学科是在原农业环境保护学科基础上发展而来，1983年起招收农业环境保护方向硕士研究生，1993年由国务院学位办批准为农业环境保护硕士学位授予单位， 1998年教育部学科专业调整，农业环境保护硕士点调整为环境工程硕士点。目前本学科是教育部高等学校环境工程教学指导委员会委员单位。主要研究方向包括：（1）固体废物处理工程：主要研究污水污泥、生活垃圾、畜禽粪便和其他有机固体废弃物的无害化与资源化技术；（2）环境微生物工程：采用常规的和分子生物学的技术进行环境中特异微生物的筛选、鉴定及研究这些微生物应用于环境污染控制、清洁能源工程、新型生物有机肥料以及生物农药上的方法与工艺；（3）土壤污染化学与污染控制：重点研究重金属、持久难降解性有机污染物在土壤-植物系统和土壤-水体环境中的运移、转化机制、生态效应与控制技术；研究矿山对周边水土环境污染及治理技术等。（4）污染场地风险评估与修复：重点研究工业企业搬迁后重污染场地的环境风险以及修复技术与工程。（5）水和废水处理工程：主要涉及难降解工业有机废水、高氨氮废水的处理、农村生活污水的处理，As污染地下水以及酸性矿山废水的处理；（6）新型环境材料：重点研究环境吸附材料和催化材料等等；近年来，本学科进一步向国际热点和前沿的环境问题与边缘学科渗透，为我国国民经济建设服务。本专业硕士研究生学制为2.5年，通过规定的课程考试和毕业论文答辩后授予工学学位。目前本学科在编人员中教授、副教授15人。主要导师有：周立祥 教授 主要研究方向为（1）、（4）、（5）、（6）；代静玉教授 主要研究方向为（3）、（6）；赵言文教授 主要研究方向为（4），王世梅副教授 主要研究方向为（1）、（2）；占新华 副教授主要研究方向为（3）、（4）；高彦征 副教授 主要研究方向为（3）；林玉锁研究员（校外） 主要研究方向为（3）、（4）；常志洲 研究员（校外） 主要研究方向为（1）、（2）；单正军 研究员（校外）主要研究方向为（3）；周东美 研究员（校外）主要研究方向为（3）；徐仁扣 研究员（校外）主要研究方向为（3）。已培养博士生和硕士生共100多名，目前在读博士和硕士生70余名。本学科拥有环境工程设备实验室、环境微生物实验室、环境化学实验室、固体废物处理实验室等科研专业实验室，并拥有占地20亩的集固体废弃物高温发酵、沼气发酵、污水规模化处理、污水生态处理、污泥微生物脱毒、废弃物园林基质化和肥料化等设施于一体的环境工程综合研究基地，中试设施完备。本学科具有雄厚的科研力量和一流的研究设施，拥有如原子吸收光谱仪、TOC仪、HPLC、GC、XRF、Zeta电位仪、离子色谱等高值分析测试仪器，拥有专门用于环境微生物分子生物学研究的各种仪器设备（PCR，DGGE，凝胶成像系统，高值显微镜），能为研究生培养提供良好的工作条件。本学科近年来承担各类科技项目70多项，包括承担有国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家863项目等国家级项目和教育部、农业部以及江苏省等省部级项目，科研经费充裕。其中多项研究成果获得省、部级奖励，并与多家企业建立了良好的合作关系。获国家发明专利20项，发表科研论文170多篇。在固体废物处理、环境工程微生物、土壤污染治理与控制等方向形成了明显的优势与特色。
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