南京农业大学理学院成立于1996年，一直是南京农业大学基础教学与基础科学研究的重要部门。学院现设有3个系、5个中心、一个研究所及一个平台，即化学系、数学系、物理系；理化分析中心、农产品安全检测中心、农药创制中心、化学教学实验中心、物理教学实验中心；应用化学研究所及同位素科学研究平台。其中化学实验中心已被立为江苏省基础课实验教学示范中心建设点。学院同时拥有2个博士学科点：农药学（该学科为江苏省重点学科）、生物物理学；4个硕士学科点：农药学、应用化学、应用数学和生物物理学；2个本科专业：信息与计算科学、应用化学。理学院已成为基础教育与专业教育相结合、本科生培养与研究生培养并重、教学与科研相协调的快速发展的学院之一。
理学院现有教职工71人，其中教授7人（另聘任了国内外著名大学的5位学者担任兼职教授），副教授及高级实验师21人，讲师27人；具有博士学位28人，在读博士8人，具有硕士学位36人，学历层次、职称结构及年龄结构较为合理。目前在校生539人，其中本科生456人，硕士及博士研究生97人。学院现有各类实验室3000多平方米，万元以上仪器设备百余套，总价值达千万元。另设有专业资料室、微机房等设施。
理学院先后有10人获国家教委和农业部优秀教师荣誉称号，1人获农业部突出贡献的中青年专家称号，11人获国家政府特殊津贴。先后正式出版教材和专著近30本，获国家发明奖1项，部、省级学术奖励26项。“十五”期间主持或参加国家级教学科研项目达20项，承担其他各类科研项目30多项，以第一作者公开发表的核心期刊学术论文200余篇，其中被SCI收录50余篇。先后获得江苏省优秀教学成果一等奖2项、江苏省优秀教学成果二等奖2项、江苏省优秀课程群2项、江苏省二类优秀课程2项。在指导全国大学生数学建模竞赛和江苏省高等数学竞赛中，多次荣获全国一等奖和江苏赛区一等奖。
“十一五”期间理学院将进一步建设一支与学院办学规模、人才培养、教学科研相适应的师资队伍。加大教学研究和教学改革力度，进一步提高教学质量。注重专业和学科内涵建设，促进科研工作稳步发展，力争多出科研成果。适度增加本科生、研究生招生规模，努力提高人才培养质量。营造良好宽松的氛围，调动教职工的工作积极性，努力实现学院的可持续健康发展，为早日建设成为教学研究型学院夯实坚实的基础。
现任院长：杨春龙 教授
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