中国科学院城市环境研究所成立于2006年7月4日，中国科学院下属的事业法人单位，是目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，位于美丽的南方海滨城市—厦门市。
研究所目前拥有环境科学博士、硕士学位授予权，招收环境科学、环境工程、环境经济与环境管理的硕、博士研究生和生态学硕士研究生。
一.主要任务
1.面向国家城市化发展过程中的生态环境保护等重大战略需求，面向国际城市生态科学和环境科学与技术的发展前沿，在城市生态、环境与健康，城市环境治理与修复技术，环境治理工程与循环经济，城市规划与环境政策等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范。
2.建立符合科技创新规律的现代研究所制度，建立有利于知识转移与技术转化的管理机制，建立与区域创新体系各单元联合合作的有效方式，建立面向城市生态与环境科技发展的公共技术研发平台，成为区域创新体系的有机组成部分，提升区域自主创新能力，带动区域相关产业发展，培育新兴产业。
3.结合重大科技任务引进优秀人才，结合科技创新实践培养学术人才，结合知识转移与技术转化向社会输送技术人才，结合区域经济社会发展需求培训管理人才，成为城市生态与环境研究领域人才高地，成为区域创新创业人才培养高地。
二.研究重点领域
1.城市生态健康与环境安全
(1)城市生态健康系统分析与监测；(2)城市环境复合污染机理与效应；(3)城市环境安全风险评价与预警；(4)城市环境分析技术与方法
2.城市环境污染控制与资源化技术
(1)城市水污染控制与资源化技术;(2)城市饮用水安全保障技术；(3)城市大气污染控制与资源化技术；(4)城市固体废弃物污染控制与资源化技术；(5)高效环境材料制备技术；(6) 环境生物技术
3.城市环境工程与循环经济
(1)城市环境污染控制工程与示范；(2)生态产业工程与示范；(3)城市生态环境技术集成与示范；(4)城市循环经济建设模式示范
4.城市生态环境规划与管理
(1)城市环境与全球变化；(2)城市发展与城市安全；(3)城市环境地空技术与数字城市；(4)城市生态环境规划理论与技术；(5)数字环境学的理论与应用；(6)城市环境管理与政策
三.公共平台建设
研究所是中华人民共和国科学技术部“国际科技合作基地”、“国家级对台科技合作与交流基地”，拥有“中国科学院城市环境与健康重点实验室”、“厦门水环境安全与水质保障工程技术研究中心”、“中国科学院厦门生物产业技术研究开发公共服务平台”（国家高新技术产业发展计划项目）。仪器设备实验中心已通过国家实验室资质认可。
四.对外合作
研究所已与美国、英国、德国、法国、日本、加拿大、澳大利亚、荷兰、韩国等十多个国家及香港、台湾的高水平研究机构保持着频繁的交流和密切的合作关系，并与英国阿伯丁大学、美国佛罗里达大学、美国新泽西州立大学、香港理工大学等单位签署了全面合作协议。
五.人员规模
研究所人员规模为760人，其中工作人员410人，研究生300人，博士后、客座人员及访问学者50名。研究所现有国家杰出青年基金获得者 2人、“引进海外杰出人才”8人、国家青年科技奖获得者 2人、博士生导师 24人，在国际组织任职 12 人次。
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