上海应用技术学院化学工程系的前身是原上海化工高等专科学校的化工系、精细化工系以及原轻工业高等专科学校的化工系，迄今已有50多年的办学历史，已为上海化工行业培养了一万余名毕业生，他们中的绝大多数已成为上海化学工业生产、科研和管理上的骨干。本系现设有应用化学、化学工程与工艺、制药工程、环境工程等四个本科专业，现有全日制在校学生1428名。全系由七个教研室、三个实验中心、两个系级研究所和一个校级分析测试分中心构成。现有专任教师71人，其中教授12名，副教授25名，研究生导师18名，博士30名，硕士17名，具有博士或硕士学位的教师占专任教师总数的66.2%。
近年来，本系积极开展对外合作与交流，与新西兰奥克兰理工大学共同开设的了应用化学（分析及监测）专业中外合作班，各专业（方向）还与国内外一大批知名企业建立了密切和稳定的联系。
目前，本系的应用化学学科为上海市重点（培育）学科；应用化学专业为上海市高等学校本科教育高地；基础化学实验中心为上海市市级实验教学示范中心；物理化学课程为上海市精品课程；“应用化学”专业教学团队2008年被评为上海市市级教学团队。
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