1979年成立了学校成立了研究生管理机构——湖南中医学校研究生办公室，后改为研究生科。归口于医教处管理，编制3人，负责研究生的招收、教学管理及日常行政事务等工作。1983年又恢复为研究生办公室，归科研处管理，编制5人。1994年在机构压缩，人员精简的精神下成立了研究生部，下设招生办、培养教学办、学位与重点学科办，并设立了研究生党支部，直属科技处（研究生部）党总支，全面负责研究生思想政治工作。2000年学校单独成立了研究生处，2007年根据学校规划，七年制学生的后两年教育归研究生处管理，七年制管理办公室划归研究生处，到2010年为止，研究生处下属有研究生处办公室、招生办、培养办、学位办、学生办、七年制管理办公室6个职能科室，总计12人。同时，为了加强研究生政治思想教育，2007年学校党委将研究生支部从机关总支分离，成立了为研究生处党总支，现有7个党支部，其中1个职工支部，6个学生支部。
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