重庆医科大学医学二系成立于1978年， 1996年更名为重庆医科大学第二临床学院。学院有教研室23个，历年来承担了学校七年制临床医学、五年制临床医学、七年制临床医学（儿科医学方向）、五年制临床医学（儿科医学方向）、五年制医学影像学、临床医学留学生班、五年制预防医学、五年制预防医学（卫生检验方向）、四年制预防医学（营养与食品卫生方向）、四年制药学（临床药学方向）、五年制中医学（中西医结合方向）、五年制中医学（康复治疗方向）、五年制针灸推拿学、五年制中医学（中医骨伤方向）、七年制临床医学（物理医学方向）、五年制医学影像学专业（物理医学方向）、五年制生物医学工程（医疗器械方向）、三年制医学影像学、三年制中西医结合专业、三年制中医骨伤专业、三年制中西医结合专业专升本（成人业余）、三年制中西医临床医学专升本（成人业余）、四年制中西医结合（成人业余）、三年制针灸推拿学、临床医学梁山班等不同层次和专业的临床课程和生产实习的重任，现已成为办学层次齐全、规模较大的临床医师培养基地。