本硕士点设在水产学院，授予理学硕士学位。
海洋生物学学科点于2006年获硕士学位授予权，是校级重点学科。本学科以热带、亚热带海洋生物为主要研究对象，针对国民经济、社会发展面临的重大海洋水产科技问题开展创新性研究。设有海洋经济动物发育生物学、海洋环境与生物资源保护等研究方向。本学科点依托广东水省现代生物化学重点实验室和广东海洋大学海洋资源与环境监测中心，有较为先进的实验设备。有一支稳定高素质的导师队伍，现有教授11名，副教授7名，其中有博士12名，还有3名教授是博士生导师。近年来承担了"863"、国家自然科学基金、农业部重大科技专项、教育部及广东省基金等重点项目，获得广东省科学技术一等奖1项、三等奖2项。
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