中西医结合学院前身为现代医学部，成立于1988年。2005年3月，为适应学校高等教育发展及中西医结合事业发展的需要，我系更名为“中西医结合系”，于2010年3月学校成功更名为福建中医药大学之后，中西医结合系也更名为中西医结合学院。创办以来学院坚持社会主义办学方向，坚持以邓小平理论、“三个代表”、“科学发展观和“构建和谐社会”思想为指导，秉持“大医精诚，止于至善”的校训精神，在校党委的领导下，以培养德、智、体、美、劳全面发展、具有创新精神、高尚医德、较强的实践能力和团队协作意识的中西医结合新型实用性医学人才，为海西经济区和祖国医疗卫生事业的发展做出贡献作为学院办学的总目标。
历经20多年发展，学院有教职工92人，其中专任教师71人（其中高职称27人），硕士以上学历占78%，思政系列人员7人，教辅人员14人，专职行政管理人员3人。本学院设有：人体解剖学、生理学、西医诊断学、生物化学与分子生物学、组织学与胚胎学、病理学与病理生理学、生物学、免疫学与病原生物学和医学影像工程学等九个教研室；有解剖学系列实验室、机能学系列实验室、生物化学与分子生物学系列实验室、显微形态学系列实验室、西医诊断学实验室 和医学影像工程学实验室、中西医结合基础教学实验室等7个系列实验室。 学院还拥有人体解剖标本陈列室和病理标本陈列室；两个国家中医药管理局三级等级实验室（病理生理学实验室、分子生物学实验室）和各一个省级实验教学示范中心、省级特色专业和省级人才培养模式创新实验区；拥有中西医结合一级学科硕士点一个，中西医结合基础，病理学和病理生理学二级学科硕士点两个，招收有临床医学（放射治疗方向、生物工程方向、康复治疗方向）、中西医临床医学、医学影像学、生物医学工程共4个专业、7个方向的学生，学生规模近两千人。
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