中医学院现有中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献、中医临床基础等4个学科，下设中医基础理论、中医诊断学、内经、伤寒论、金匮要略、温病学、各家学说、中国医学史、医古文等9个教研室。成立了中医证研究基地、中医药文化博物馆、中医经典研究室、医易文献研究所等4个发展平台。现有4个硕士学位授权点，4个国家中医药管理局重点建设学科，1个国家级教学团队，1门国家级精品课程，4个省级重点学科，2个省级教学团队， 7门省级精品课程，9门校级精品课程。
学院拥有一批在海内外享有盛名的老教授和一批朝气蓬勃的中青年专家、学者。现有客座教授5名，教授11名，副教授15名，博士生导师2名，具有博士学位26人 。享受国家政府特殊津贴1人；荣获福建省百千万人选3人， “全国师德先进个人”1人，福建省“教学名师”2人。
学院以“博学人文，强化经典，拓展基础，提升技能”的办学思路，逐渐形成以讲中医经典为主的教学特色，积极探索具有中医传承特色的“师承班”、“经典班”教学模式。经过多年的建设与发展，在教学、科研、学科建设、专业建设等方面取得重大进展。2008年中医学专业获国家级特色专业建设点；2008年中医学（经典班）获省级特色专业建设点；2009年“中医师承人才培养模式创新实验区”获国家级人才培养模式创新实验区；2009年《中医诊断学》获国家级精品课程；2010年中医诊断学教学团队获国家级教学团队。
目前，在研国家自然科学基金科研项目5项， 973项目1项，973子项目课题2项，十五攻关子项目课题1项；厅级以上各类重大重点课题60余项的科研工作。近10年全院教师共发表高水平学术论文400余篇，获得各级科学技术成果奖20余项。
现在校中医学本科生1668名，研究生44名。
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