集美大学水产学院的前身是厦门水产学院，系1972年上海水产学院南迁厦门而成立。1994年10月，集美学村原五所高校合并成立集美大学，厦门水产学院也并入集美大学，更名为集美大学水产学院。
集美大学水产学院现有水产养殖学、水生生物学、渔业资源学、渔业领域（农业推广）4个硕士点和水产养殖学、动物科学、海洋渔业科学与技术、动植物检疫等4个本科专业，其中水产养殖学专业为国家级特色专业建设点、水产养殖学教学团队为省级教学团队。2002年开始与中科院武汉水生所联合培养博士生。学院现有专任教师84人，其中教授18人，副教授38人；具有博士学位的教师50人，硕士学位20人；在职攻读博士学位的教师11人，留学归国人员20多人。享受国务院政府特殊津贴专家4人，全国师德之星1人，全国先进工作者1人，农业部有突出贡献中青年专家2人，入选国家级百千万人才工程1人，福建省杰出科技人才1人，省级教学名师1人，入选省级百千万人才工程6人，福建省青年“五四”奖章1人，入选福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划4人，厦门市拔尖人才1人，厦门市“五一”劳动奖章1人。学院拥有国家级坛紫菜科技特派员创业链（基地）、鳗鲡现代渔业技术教育部工程研究中心（建设中）、水产科学技术与食品安全福建省高校重点实验室、福建省水产病害防治技术研发中心、福建省实验教学示范中心、福建省坛紫菜种质资源库、厦门市饲料检测与安全评价重点实验室、福建省水产学研究生教育创新基地、集美大学水域环境与渔业资源监测中心、集美大学水产试验场和16个校外本科教学实习基地，现有仪器设备总值2500多万元。
学院与集美大学水产生物技术研究所实行院所合一管理，设有水产养殖学、渔业资源学、动物营养与饲料科学、水生生物学、水产生物病害防治等五个学科。其中水产养殖学为福建省重点学科，渔业资源学、动物营养与饲料科学和水生生物学为集美大学重点学科。近5年来学院承担的国家863计划项目、国家自然科学基金项目、省部级等各级各类科研项目100多项，获得22项省、市级科技进步奖，在国内外多种学术刊物发表学术论文400多篇，其中被SCI、EI、ISTP收录80多篇。
学院紧紧围绕“培养学生创新精神和提高实践能力”的宗旨，不断推进学风建设。积极探索并不断完善以辅导员负责制、“学生导师”制、辅导员助理制为主的一套新形势下大学生政治思想教育工作新机制，高度重视和不断加强大学生党建和思想政治工作，开展丰富多彩的第二课堂活动，形成培育大学生良好人文素养、科学素质的氛围和环境。在“挑战杯”中国大学生创业计划大赛、全国大学生英语竞赛、大学生“三下乡”社会实践等活动中均取得较好成绩。历届毕业生深受社会和用人单位好评。
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