理学院下设应用数学系、物理系、电子科学与技术系、工科数学基础教学部、大学物理基础教学部和光电子科学研究所、激光技术研究所。

还设有学生工作办公室、教学管理办公室、科研和学科建设及研究生教育工作办公室、行政工作办公室，四个管理科室。

现有光学和物理电子学2个博士学位授权学科，物理学和电子科学与技术2个硕士学位一级授权学科，现有物理学和电子科学与技术两个博士后科研流动站，其中光学、物理电子学为国防科工委重点学科，光学、物理电子学、微电子学与固体电子学为吉林省重点学科。

设有信息与计算科学、光信息科学与技术、应用物理学、电子科学与技术、微电子学、光电子技术科学6个本科专业。

学院现有本科生1665人，硕士研究生388人，博士研究生28人。

学院在编教职工128人，其中教师99人，博士生导师9人，教授（研究员）14人，副教授33人。教师中具有博士学位的22人，在读博士36人；具有硕士学位的58人，在读硕士3人；享受国务院政府特殊津贴的3人；获得国家和省部级优秀教师称号的4人，吉林省拔尖创新人才3人。

理学院现有一门国家精品课“红外物理”；两门吉林省精品课“激光原理”和“红外物理”。5门校级精品课“激光原理”“红外物理”“高等数学”“量子力学”“线性代数”。光信息科学与技术为国防科工委特色专业。

2008年在“全国大学生数学建模竞赛”中，获国家二等奖四项、吉林省一等奖五项、吉林省二等奖九项、吉林省三等奖七项。在“飞利浦”挑战杯全国大学生科技学术作品竞赛荣获国家一等奖，在学校“大学生创新性实验计划项目”活动中，学院共有13项得到学校资金的资助，其中有4项获得国家资金的资助。

2006届毕业生考研率为25.1%，2007届毕业生考研率为30%。

理学院建设与发展的总体目标是：努力建设一个以理为主、理工结合、突出光学特色、基础和应用学科专业相互支撑，多层次、多学科协调发展的教学研究型学院；坚持教学、科研、生产相结合，培养光学领域创新应用型人才，为实现学校“省内领先、国内先进、国际知名”的目标奠定坚实基础。