控制理论与控制工程学科的前身是林业电气化与自动化硕士点，于1993年获得硕士授予权，1994年开始正式招生。1997年，因国家研究生学科调整，更名为控制理论与控制工程学科。2001年控制理论与控制工程学科被评为黑龙江省重点学科。 学科现有成员13人，其中教授3人，副教授6人，讲师4人。学科成员中有多人在国家及省市学会任职，如中国林业机械协会副会长、国家林业局林业机电教学专业指导委员会主任、黑龙江省自动化学会副理事长等。本学科覆盖机电学院自动化、电气工程及其自动化、通信工程三个电类本科专业。学科梯队的学历结构、年龄结构、以及专业技术职称结构均较合理。 　

     学科有3个明确、稳定、具有特色和优势的研究方向：控制理论与控制工程、模式识别与智能控制、检测技术与自动化装置。学科现有硕士生导师7人，其中教授3人、副教授4人，都承担过国家或省部级课题且发表过较高水平的论文。目前都有在研的国家或省部级课题。