西安交通大学信息与系统科学研究所创建于1994年，其前身为西安交通大学计算数学和应用数学研究所的多个研究室。现有人员40余名，其中教授6人（博导5人），副教授2人，讲师1人，博士、硕士研究生30余名，固定研究人员中获博士学位者6人，是一支以中青年教师为主体，以教授、博士为骨干，具有相当国际影响的高水平研究群体，所在学科为国家级重点学科。研究所学术带头人为徐宗本教授、张文修教授、张讲社教授、蒋耀林教授及彭济根教授。
研究所以研究信息工程与系统工程的理论基础为对象，以解决信息高新技术的理论与算法基础为特色，突出分析研究信息科学与系统科学中的基本问题，主要研究方向包括：
1．人工智能的数学基础；
2．计算智能推理基础；
3．模拟演化计算技术；
4．人工神经网络理论和非线性系统理论；
5．动力系统瞬态计算理论；
6．模式分析与数据挖掘方法；
7．视觉模拟与图像处理；
8．大规模集成电路数值模拟等。
研究所在“九五”和“十五”期间，先后承担了863国家高新技术、国家自然科学基金、国家教委博士点基金等重要科研项目40余项，在智能信息处理理论基础研究（特别在神经网络的复杂性研究、能量分类理论、不同模型化方法比较理论、模拟演化进算的公理化模型等方面）、数据挖掘技术的基础理论与算法研究（特别在视觉分类机与视觉学习理论、基于神经生理、神经物理与认知心理学的聚类算法研究、非线性空间上的模拟识别理论与算法、粗糙集与不确定性知识系统理论与方法等方面）、非线性系统理论研究（特别在Lipschitz算子半群、大规模集成电路数值模拟、流行病动力学研究等方面），研究所研究人员已经作出一系列国际先进或领先水平的工作。先后在IEEE Transaction 系列杂志、Neural Networks、SIAM系列杂志、《中国科学》等国际顶尖杂志上发表论文150余篇。在Academic Press、中国科学出版社、高教出版社等出版专著13部。研究与教学成果有4项获得国家级奖励，4项获得省部级奖励。近十年来研究所共培养博士91名，硕士100余人。
目前，该所正承担以上相关的国家自然科学重点基金研究课题3项，国家自然科学基金面上研究课题4项。
研究所的显著特色是“应用理科型”，主要体现在（1）坚持从基础理论的高起点研究信息与系统工程的基本问题；（2）基于坚实的理论基础发展有效的工程方法。该所研究人员均具有具有“两栖”型知识结构（即同时具有两个一级学科以上的基本知识）这一显明特色，主要研究人员均在取得数学博士学位后，有较长时期的从事信息工程、电子工程、力学工程、管理工程字“第二专业”研究经历。这样的结构特征为该所知识创新、特别是出国际一流研究成果及培养高质量应用理科型复合创新型人材创造了优越的条件。
研究所目前与英国Essex大学、美国Iowa大学、香港中文大学、香港理工大学等院校的研究所签定有长期合作协定。除人员、信息的规范化交流外，两地的研究人员正共同在一系列国际前沿的科研领域携手攻关，正取得一系列重大成果。
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