1986年创办理工医交叉新兴学科，并招收四年制医学电子工程专业本科生。1988年成立医学电子工程系，1993年更名为生物医学工程系。1990年获生物医学工程硕士学位授予权，1998年成为博士学位一级授权学科，2000年建立生物医学工程博士后科研流动站。1999年建立生物医学工程研究所，2001年军事医学工程实验室成为全军医学重点实验室，2005年组建全军军事生物医学工程研究所。1996年起面向全军招收生物医学工程专业大专起点本科函授学员。2002年起在全军招收硕士学位课程班学员。
系辖数理、计算机应用、电子学、医学电子工程、军队卫生装备与计量学5个教研室，2个学员队。建系廿年来，在学校党委的领导下，已形成一支结构合理、学术水平高、团结务实、充满生机的师资队伍。军事医学电子工程学科特色鲜明，在军队卫生装备技术、生物医学信号检测与处理、物理因子的生物学效应、医学图像处理及多媒体网络数据库方面研究，展现出广阔的发展前景。
建系以来培养本科生1731人（函授生1403人）、硕士研究生330人（课程班246人）、博士研究生30人，博士后1人。承担国家自然科学基金重点项目1项、面上项目14项、军队指令、重点课题6项、其它课题约50项，科研经费超过2519.6万元。获国家科技进步三等奖1项、军队科技进步二等奖6项、国家专利10余项，有10余项成果被军队列为重点扩试项目。在核心期刊上发表论文600余篇，SCI、EI收录37篇，主编学术专著约30余部。
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