西北师范大学植物研究所的前身是成立于1957年的植物分类研究室。孔宪武教授身前一直领导该所（室）的工作。1979年，植物分类研究室正式扩建为植物研究所。该所（室）成立后，以植物分类学，植物化学和植物资源学为主要研究方向，长期致力于西北地区植物资源的研究，先后在甘肃、青海、新疆等地多次进行野外调查，采集标本、深入开展了藜科、紫草科、堇菜科等类群的分类研究、甘肃植物资源的调查和开发利用，完成了《中国植物志》多个卷（册）的编写，通过鉴定了科研成果10余项，其中氢溴高乌甲素获1987年国家科技进步三等奖。黄花菜花芽分化及其快速繁殖技术研究获商业部科技进步一等奖。该所先后有4人享受政府特殊津贴。近年来，在世界藜科植物研究、沙棘属植物物种生物学和分子进化，甘肃省生物多样性研究和资源开发方向取得了一系列重要成果，出版专著4部，参与编写了《中国高等植物》、《Flora of China》等著作。在 Amer．Journ．Bot．，Plant Syst．& Evol．，Madrono，Novon和植物学报、植物分类学报、遗传学报、园艺学报等国内外学术刊物发表论文300余篇，获省级奖励多项。目前，主持国家自然科学基金项目4项，国家医学博士创新项目1项，主持甘肃省省长基金项目《甘肃植物志》的编写和其它项目15项。植物研究所标本室馆藏标本近20万号。
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