理论物理研究所是在原物理系理论物理与数学教研室的基础上发展起来的。上个世纪80年代，物理系根据当时国内外物理学各分支学科的发展动向、结合本系的科研基础与教学实践而确定理论物理作为重点发展的学科之一。经过二十多年的努力，已形成了基础扎实、学术水平较高、年龄结构合理的学术梯队。研究所在非线性物理、孤立子物理、等离子体理论、超低温下原子气体性质（玻色－爱因斯坦凝聚）、数学物理方法及量子场论等领域已形成了相对稳定、富有特色、在国内外具有一定影响的研究方向。研究所现有博士生导师两人，教授5人，副教授2人（具有博士学位人员6人，回国人员2人，有博士后经历的2人）。自95年以来，研究所发表研究论文200多篇，其中SCI收录的论文超过百篇．主持国家自然科学基金、国家人事部和教育部、甘肃省自然科学基金等科研项目多项。获省部级科研成果奖以及甘肃省高校科技进步奖多项。
研究所采用多种形式广泛开展学术交流活动，成功举办了由国家基金委资助的西部地区理论物理讲习班，并与北京应用物理与计算数学研究所、中科院物理所、美国得克萨斯大学等国内外科研单位建立了合作关系。
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