马克思主义学院是伴随着新中国第一所民族院校的诞生而成立的最早的教学单位之一。其前身是50年代成立的政治理论教研室。60年代改为政治教育系,后又称政治系。90年代初,为了加强政治理论课的教学,突出政治理论课的地位,经学校研究成立了马列主义教研部。2000年与学校德育教学研究室合并成立了马克思主义理论与德育教学研究部(简称“两课”部)。2007年6月经学校党委会议研究决定成立了马克思主义学院。
马克思主义学院现主要承担全校本专科学生、硕士研究生和博士研究生的政治理论课教学工作。学院现有“马克思主义基本原理”、“思想政治教育”、“马克思主义中国化”、“马克思主义民族理论与政策”及“伦理学”等五个硕士研究生学科点,其中“马克思主义民族理论与政策”学科点为国家民委重点学科。全院现有研究生共64名。