运输工程系随铁道技术学院的组建而建立，包括铁道交通运营管理、会计电算化2个专业。运输工程系每年招生铁道交通运营管理专业班级2个、会计电算化专业班级1个。
铁道交通运营管理专业主要课程有：行车组织基础、铁路调度指挥与统计分析、货物运输组织、铁路危险货物运输、集装化运输、阔大货物运输装载加固、旅客运输、站场与枢纽设计、运输管理信息系统等。会计电算化专业主要课程有：会计基础、财务管理基础、财务会计、成本会计、商品流通企业会计、会计电算化、税法、经济法基础、审计原理、统计基础等。
运输工程系培养热爱祖国，有较强的事业心和团结协作精神，掌握扎实的基础理论和专业理论，有自学和创新的愿望和能力，适应性强的高职毕业生。铁道交通运营管理专业毕业生应能在各级铁路运输管理部门、铁路站段和大型厂矿企业从事运输管理、生产指挥、运输组织等重要工作。会计电算化专业毕业生应能在企业第一线从事企业规划、财务管理等重要工作。部分优秀毕业生应具有较强的学习能力，能够掌握本专业最新发展动态，创造性地运用所学知识进行本专业应用理论的研究工作。
运输工程系将坚持为社会培养合格人才的目标，加强计算机、数学和外语等基础理论的教学，在专业课的教学中树立为生产服务、理论与实践相结合的思想，注重自学、创新意识的培养。在主干专业课教学完成后，将用大量的实践性教学巩固学生的实际操作能力，使学生得到全面发展。
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