卫生管理系为卫生管理学院设置的三个教学系之一，主要承担卫生事业管理专业本科基础课和专业课及研究生课程教学计划的组织与实施。现有专业教师16人，其中教授6人，副教授4人；硕士生导师8人；具有博士学位的教师4人，正在职攻读博士学位教师2人。
安徽医科大学卫生管理学院1984年（1984年时称卫生管理系）开始设立卫生事业管理专业，1985年招收本科学生，是国内最早建立卫生事业管理专业、培养卫生管理专门人才的院校，并于1990年获该学科的硕士学位授予权。2002年卫生管理专业申报安徽省首批省级教改示范专业建设项目，得到省教育厅的立项批准与资助，成为安徽医科大学2个省级教改示范专业之一。
卫生事业管理专业毕业生就业去向主要为各级卫生行政部门、卫生事业单位及药品营销企业等单位。现已有19届毕业生，主要分布在国家及各省市各级医药卫生行政管理机构、公共卫生部门、卫生事业单位及其科研机构和高等院校等，在我国卫生事业管理岗位上发挥着积极的作用。
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