为适应我国社会经济快速发展对交通运输工程专业人才的需求，合肥工业大学上世纪六十年代设置汽车运用工程本科专业和道路工程专业，1999年设置交通工程本科专业，是国内较早设置交通运输工程学科的20多所重点高校之一。2009年合肥工业大学整合学校交通学科相关资源成立交通运输工程学院，目前学院设置有交通工程、交通运输两个本科专业，并拥有交通运输工程一级学科学术型硕士学位授权点(包括交通运输规划与管理、道路与铁道工程、交通信息工程及控制、载运工具运用工程等四个二级硕士学位授权点)和工程硕士学位（专业学位）授权点，在校本科生和研究生300余人。交通运输工程学科已为我国交通运输工程行业培养本科毕业生和研究生1200多人。
交通运输工程学院下设道路与交通工程系、运输与物流工程系，拥有交通运输工程实验示范中心（包括数字化交通规划实验室、交通控制与仿真实验室、道路与轨道工程实验室、交通环境与交通安全实验室等）和多个研究所（交通工程研究所、道路与轨道工程研究所），并与企业联合共建安徽省智能交通工程研究中心和安徽省智能交通重点实验室，拥有的实验设备价值近千万元。交通运输工程相关实验的软硬件较齐全，具备了较先进的交通运输工程专业教学与科研的实验条件。
交通运输工程学院已形成老中青相结合、以青年教师为主体、结构合理、富有创新开拓精神的学术队伍，现有教职工30人，其中教授5人，副教授6人，高级实验师3人，具有博士学位的16人。教师教育背景涵盖交通运输规划与管理、道路与铁道工程、载运工具运用工程、交通信息工程及控制、桥梁与隧道工程、工程力学等专业，是一支完全能够胜任交通运输工程专业教学和科学研究的学术团队。
合肥工业大学交通运输工程学科在载运工具运用工程研究方向具有较强的实力，在交通规划、道路工程等科研方向有一定的特色，先后承担数十项国家及省部级科研课题，在国内外同行内有较高的学术影响。此外，近年来交通运输工程学科还承担近百项地方政府委托科研合作项目，年均科研经费800多万元，为国家和地方经济建设做出了较大的贡献。
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