环境工程学科是隶属于环境科学与工程一级学科的二级学科。本学科是在原农业环境保护学科基础上发展而来，1984年开始招收硕士研究生，1993年获硕士学位授予权。
　　
　　本学科的主要研究方向包括：（1）废弃物处理与资源化工程：主要研究污水污泥、生活垃圾、畜禽粪便和其他有机固体废弃物的无害化与资源化技术；（2）环境微生物工程：采用常规的和分子生物学的技术进行环境中特异微生物的筛选、鉴定及研究这些微生物应用于环境污染控制和清洁能源工程上的方法与工艺；（3）污水物化与生态处理工程：重点研究电镀废水、洗毛废水等工业废水的物理化学处理方法与技术；研究生活污水与养殖废水的人工湿地处理的机理、工艺与技术参数；（4）矿区污染控制：研究矿区污染物的迁移、转化机制和控制技术，矿区开采后生态植被的恢复；（5）土壤污染与控制：研究农业和城市土壤中污染物的环境行为及其控制和修复方法；（6）有机污染化学与控制：重点研究农药、持久难降解性有机污染物在土壤-植物系统和土壤-水体环境中的运移、转化机制、生态效应与控制技术。近年来，本学科进一步向国际热点和前沿的环境问题与边缘学科渗透，为我国国民经济建设服务。本专业硕士研究生学制为3年，通过规定的课程考试和毕业论文答辩后授予工学学位。现有博导3名，硕导9名，具有博士学位人员占90%.
　　
　　导师主要人员如下：周立祥教授主要研究方向为（1）、（2）、（3）；王世梅副教授主要研究方向为（1）、（2）；代静玉副教授主要研究方向为（5）、（6）；陈效民教授主要研究方向为（5）；兰叶青教授主要研究方向为（4）、（5）；李福春副教授主要研究方向为（5）；张甘霖研究员（校外）主要研究方向为（5）；常志洲研究员（校外）主要研究方向为（1）；周东美研究员（校外）主要研究方向为（5）；徐仁扣研究员（校外）主要研究方向为（5）；林玉锁研究员（校外）主要研究方向为（6）。
　　
　　已培养博士生和硕士生共40多名，目前在读博士和硕士生50余名。
　　
　　本学科具有雄厚的科研力量和一流的研究设施，拥有集固体废弃物高温发酵、沼气发酵、污水规模化处理、污水生态处理、污泥微生物脱毒、废弃物园林基质化和肥料化等设施于一体的环境工程综合研究基地；拥有TOC仪、HPLC仪、离子色谱、冰冻干燥仪、高速离心机、原子吸收分光光度计（含石墨炉）在内的高值仪器；拥有专门用于环境微生物分子生物学研究的各种仪器设备（PCR，DGGE，凝胶成像系统，高值显微镜），能为研究生培养提供良好的工作条件。本学科近年来先后承担了国家高科技计划（863计划），国家重点基础研究项目（973计划）、国家自然科学基金项目、农业部948项目、国际合作项目及江苏省科技厅、建设厅和浙江省科技厅等项目40多项，2004年科研经费达到500万元（不含校外导师）。其中多项研究成果获得省、部级奖励，并与多家企业建立了良好的合作关系。获国家发明专利6项，发表科研论文130篇以上，其中SCI收录20篇。