遗传学学科为二级学科，隶属一级学科生物学，2002年获准为硕士学位点和博士学位点，目前为国家211工程重点建设学科之一。研究内容：包括从分子、细胞、个体、群体等不同水平上探索植物、动物和微生物基因组遗传信息的复制、转录、翻译、表达调控和变异规律。
　　
　　培养目标：使学生掌握遗传学及其应用的基本原理、研究方法，成为具有独立从事遗传学教学、研究和应用能力的高科技人才。毕业研究生不仅适合于从事高新生物技术的科研机构或高等学校的教学、科研工作，也适合于在工业、医药、食品、农业、环保、园林等行业从事与遗传学相关的研究、开发和产业化等方面的技术工作。南京农业大学遗传学学科具有较强的教学和科研实力，其总体水平居国内同类学科先进行列，某些方面居国内领先地位、达国际先进水平。本学科现有工程院院士2人，“长江学者奖励计划”特聘教授2人，“国家杰出青年基金”获得者1人，教授9人。近年来，学科设施建设卓有成效，发展迅速。装备了大量的现代化大型仪器设备，如全自动DNA序列分析仪、全自动成像系统、PCR扩增仪、基因枪、核酸－蛋白自动纯化与样品制备工作站、基因芯片点样系统，ScanArray Express，DNA Sequence 377等，此外拥有温室、网室和人工气候生长箱和试验田，具备从事不同遗传学方向的研究条件。现承担有从遗传学理论研究到基因工程产业化等“973”、“863”、国家自然科学基金、省（部）级和国际合作等不同层次的国家、省部级研究课题及国际合作项目，科研总经费达到3000万。