森林保护学科是在原昆虫教研室、病理教研室、微生物教研室以及动物教研室等基础上合并发展起来的，2003年2月被评为浙江省重点扶植学科。该学科经多年发展已形成一支结构合理的学术队伍，已有教授3人，副教授2人；浙江省151人才工程培养对象2人，高校中青年学科带头人2名；博士后1人，博士1人，在读博士2人，硕士6人。现学科带头人为吴鸿教授。近三年来，该学科共发表学术论文130余篇，其中在国外权威学术刊物发表论文20余篇，被sci光盘版收录8篇，ei 5篇以及istp 1篇，出版学术专著18部。承担各种科研项目20余项，科研经费达200余万元。学科总体水平在国内同类学科中处于先进行列，尤其在菌蚊、自然保护区昆虫资源研究等方面已处于国际先进水平。
　　
　　本学科研究的主要特色是：南方森林包括经济林、竹子和花木等有害生物的发生机理、种群动态规律及其综合控制技术与方法的研究，该领域的研究已处于国内先进行列。另一方面，进一步加强了华东地区尤其是浙江省森林昆虫和微生物等的资源种类、区系研究；尤其在菌蚊等双翅目昆虫以及自然保护区昆虫区系的系统研究领域已达到国际先进水平。在此基础上积极开展如生物源农药、农药（包括杀虫剂、杀菌剂、除草剂和植物生长调节剂）复配开发以及农药的环境毒理学和生态毒理学的基础研究，为我省乃至全国的经济建设和社会发展服务。
　　
　　本学科的主要研究方向：
　　
　　昆虫系统学与森林害物综合治理：
　　
　　该研究方向着重研究森林生态系统中昆虫组成、分布、害虫和益虫的种群动态规律，并根据其规律对其进行有效控制和利用。
　　
　　森林病理与微生物开发利用：
　　
　　该方向采用现代生物技术与传统林病研究方法相结合，一方面开展以经济林、花木等病害的发生规律及其综合控制技术与方法的研究，另一方面开展微生物遗传育种特别是食用菌栽培、加工等方面的研究。为我省经济林、园林植物等病害的综合治理及其微生物的开发利用提供强有力的技术支持。
　　
　　动物资源保护与动物生态：
　　
　　该方向采用现代生物技术进行动物分类、动物生态和动物资源持续利用等方面的研究，特别是在鸟类分类，鹭类生态学等方面已居国内先进水平。
　　
　　新农药的开发与农药的环境毒理学：
　　
　　该方向主要从事生物源农药的开发、农药的复配、农药剂型、叶面肥的开发研究和农药的环境毒理学及生态毒理学的基础研究。现已研究出十多个叶面肥系列产品、以阿维菌素为主的复配产品、以吡虫啉为主的复配产品、以乙磷铝为主的复配产品、以赤霉素、矮壮素、乙烯利为主的复配系列产品等。