学制三年。主要开设课程有英语、计算机应用、医用统计学、科研方法学、文献检索、分子生物学、实验动物学基础、黄帝内经研究、中医基础理论研究、中医历代医论选讲、中医文献学、医学免疫学、医学心理学等课程。要求研究生具有全面、系统、深入、扎实的中医基础理论知识，包括中医临床知识和技能，阅读、理解、研究中医经典著作的能力，而且具有必要的与中医学相关的其他现代科学知识，掌握本学科的国内外学术发展动态，具有较高的外语水平，适应中医学发展和对外交流的要求。研究生在读期间跟从导师从事教学实践、临床医疗实践和科研工作，毕业可授予医学硕士学位。研究生毕业后能从事教学、科研和医务行政管理工作。