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1993年由国务院学位委员会批准为计算机软件专业硕士学位点，成为江西省计算机专业和全国师范性计算机专业拥有的第一个硕士点；96年由省政府批准为江西省九五重点建设学科；2001年由江西省教育厅批准为十五重点扶持发展的重点学科。薛锦云（教授、中科院软件所博导）为该专业的学科带头人。98年国务院学位委员会决定进行专业调整，撤销计算机科学理论专业，将其职能附属于计算机软件专业，形成了计算机软件与理论专业。该专业已招收培养8届123名硕士研究生（含在职研究生61人），有8名考取中科院、北京大学等著名学府的博士生，和上海交大合作培养博士生4人。2000年7月薛锦云教授在中国科学院软件研究所获得博士生导师资格以后，该专业已经招收了可以在江西师大培养的中科院软件所博士研究生。
该专业始终把为全国，特别是为江西培养具有坚实宽广计算机科学和计算机软件理论基础，系统地掌握系统软件和应用软件开发技术，具备学术带头人和项目负责人素质，能承担计算机软件与理论方面重要研究课题或大型软件开发任务的高层次教学、科研、开发人才，把能够为江西经济建设、社会发展和软件产业提供强有力的技术支持，作为自己的办学目标和神圣使命，将理论、实验、应用和教学研究紧密结合起来，形成了几个稳定的、有特色的研究方向：软件形式化和自动化，并行分布式计算，智能教育软件，人工智能及其应用，网络工程与多媒体计算技术，软件中的数学理论，数据库理论及应用。
该专业近年来承担了国家863，国家军用共性软件和国家自然科学基金等9个国家级课题和15个省级课题，一个国际合作项目和多个横向课题，在计算机程序设计科学（英文刊）、计算机科学和技术学报（英文刊），计算机学报，软件学报等国际国内重要学术刊物发表200余篇高水平的学术论文，获得江西科技进步一、二、三等奖各一项；国家发明专利一项。20多篇论文被EI， SCI和ISTP收录，多项成果处于国内领先地位，具有国际先进水平。其中PAR方法则是软件形式化方法及其开发工具研究的重大突破，受到国际国内多位著名计算机科学家的高度赞扬。
九五期间新增实验室面积约600平米，本学科中外文藏书合计3.4万册，拥有中外文期刊380余种，建成4个教学、科研、开发、实习基地。
该专业和美国康奈尔大学计算机系，美国圣塔克拉拉大学计算机工程系，韩国崇实大学电脑学院，北京大学、南京大学、上海交大等国际国内著名大学的计算机系和中国科学院软件研究所建立了紧密的学术联系，经常进行人员互访。
该专业现有教授9人，副教授15人，博士5人，在职博士生6人，其中国家级有突出贡献的中青年专家一人：薛锦云；国务院特殊津贴享受者三人：倪国熙、薛锦云、周定康；全国教育系统劳模：周定康；跨世纪学术和技术带头人一人：薛锦云；省高校中青年学科带头人3人：薛锦云、王明文、黄明和；省高校中青年骨干教师2人：甘登文、李云清。
该专业“十五”期间具体建设目标为：巩固本专业整体水平在全国同类院校中的领先地位，争取在十五计划内获得博士学位授予权，培养和造就1～2位国家级学科带头人，成为国家和省软件工程师的摇篮，成为江西省软件环境和智能教育软件研究开发中心。
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