方剂学科是以基础医学院方剂教研室为核心、由中药和中西医结合相关学科参与建设的国家重点学科。该学科点最早由我国著名中医药学家王绵之教授创立，80年代以来一直是全国同类专业的领头单位。1978年被国家教委批准为全国首批方剂专业硕士授权点，1986年被批准为唯一的方剂学博士授权点，培养方剂专业博士16名和硕士29名，许多人已成为全国中医药领域的学科或学术带头人。本学科点曾先后主编全国中医药院校统编教材《方剂学》2-5版和适应不同层次人才使用的方剂学教材、教学参考书多部，受卫生部委托举办过2届全国中医药院校方剂师资培训班，并为黑龙江、山东、辽宁等省兄弟院校培养博士。目前该学科为全国方剂学会挂牌点，其中有3位全国知名专家担任学会主任、副主任委员及秘书长要职，负责领导、组织和协调全国方剂学会的工作。
　　
　　该学科点建设在人员结构上经历了由早期的老一辈专家传带、中年学者接替、青年学科带头人培养等一系列学科梯队调整；在科研上经历了由早期本学科和中医基础学科合作、与中药、中西医结合基础等多学科介入的资源优化配置；专业方向上经历了由早期历代名方的系统整理、方剂与治法关系、方剂功效现代机理、方剂效用物质基础、方剂-生物效应模式等不同层次上的定位与持续发展。目前该学科已经拥有以博士和博士后等中青年学者为主体的老中青结合、以多学科技术优化组合、学科内涵建设为目标，以学科核心问题和前沿领域重大问题为主攻方向的专业研究群体。
　　
　　新近几年来，学科编写了具有重大影响的学术专著、教材及参考书，发表了多篇具有导向性的学科发展评述，主持了国家和部市级重大科研项目，并获得部、省（市）级科技进步奖5项。其中由王绵之教授提出的方证相关概念长期以来一直成为学科研究发展遵循的逻辑，其主持研制的王氏保赤丸、健脾消食丸等中成药产生了巨大的社会和经济效益。本学科点最早开展的对同类方剂组方模式的研究，在方法学上实现了对经典方剂学中以方示法的重要突破；学术专著《中医现代方剂研究》完成对方剂现代研究成果系统逻辑化整合而受到学术界高度评价，并被全国高等中医院校广泛使用；以探索中医复方新药研究思路和方剂的生物调控原理为目标的方剂效用物质基础及复方生物-效应模式的研究不仅赋予学科新的活力而且正成为学科前沿研究的亮点。