西安交通大学生物医学工程学科是在1978年由蒋大宗、程敬之、黄诒焯等老一辈知名教授创立的，当时称为生物医学仪器及工程专业，是国内第一批成立该专业的高校。同年开始招收硕士生，1984年获批为博士点学科，1988年获批为“生物医学仪器及工程”专业唯一的国家重点学科，并建立博士后流动站，1988年以来，获得世界银行贷款、211工程和行动计划建设经费共2370多万元，1989年建立现代医学电子技术及仪器国家专业实验室，1999年成立陕西省生物医学工程重点实验室，2000年建立生物医学信息工程教育部重点实验室。是长江学者特聘教授首批设岗学科。与国外7所大学和研究中心建立有实质性的合作关系。
本学科已形成一支由40余名教授、副教授与青年博士为主体的结构合理、高水平的学术梯队，其中博士生导师12名，国家有突出地、贡献中青年专家2名。自1988年以来，共承担国家和国际合作科研项目60多项，获国家发明奖2项、国家科技进步奖4项、省部级科技进步奖20多项，1996年以来，完成和承担科研项目82项，科研经费1960多万元，其中，国家自然科学基金重点项目2项，国家重点科技攻关项目2项、国家杰出青年基金项目1项、863项目2项、自然科学基金面上项目20项和国际合作项目7项。在国内外重要学术期刊和国际学术会议上发表论文400多篇，撰写和出版专著两本。获得省部级以上科技进步奖10项，获准专利10项。1996年至2000年，共招收硕士生134人、博士生109人、博士后8名，授予硕士学位103人，博士学位72人，出站博士后6名，还接受了8名国内学者、5名国外留学生和访问学者来实验室学习或工作。
本学科形成和发展了（1）生物医学信息、医学成像与仪器、（2）生物医学超声和（3）心脏起搏与心电生理三个特色鲜明、实力很强的研究方向。（4）1996年以来，注重与生命科学前沿核心领域结合，形成了生物信息学研究方向。
1.生物医学信息、医学成像与仪器：本方向特色为：以医学仪器和系统为目标的复杂生物医学信号处理、功能性神经肌肉电磁刺激、脑功能成像、X线直接数字成像及双能量X线成像、生物传感器与医学仪器新技术。
2.生物医学超声：主要研究生物组织超声传播特性、阵列声学、换能器设计与定征、超声成像与血流运动估计。近五年来在微米纳米超声造影剂、血流灌注评价与粘弹性成像，超声治疗、微观与宏观信息融合等方面取得了重要进展。
3.心脏起搏和心电生理：着重于新型埋藏式心脏起搏器、起搏参数测试技术和细胞水平的心电生理的研究。双腔心脏起搏系统分析仪，于1997年获国家级新产品证书。在生理性起搏、心肌细胞与M细胞电生理和冠脉支架的研究居国内领先水平。
4.生物信息学：重点研究基因组学和蛋白组学的生物信息学理论与方法、生物大分子分离技术及信息获取。主要特色为：小麦种子蛋白质基因工程及其功能分析与预测、生物大分子分离技术、重要动杆物和疾病生物信息资源建设。
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与世界一流学科相比，本学科在双能量X线成像、生物医学超声和生物医学信号处理等方向已进入国际先进行列，在生物信息学方向还存在一定的差距。
今后五年学科建设主要目标为：拓展优势方向，保持国内领先，在2－3个方向上达到国际先进水平，并取得突出成绩；争取将本学科现有实验室升格为国家重点实验室。其总体思路为：通过学科建设、科学研究、国内外学术交流和人才引进，培养和招聘一批年轻学术带头人；加强信息科学、生物医学与基础科学前沿领域的结合；加强信息科学、生物医学与基础科学前沿领域的结合；加强实验室建设、管理和学术梯队的合作。预期成效为：承担和完成国家重点科研任务，取得重要突破，获国家级科技奖2－3项；在国外核心刊物上发表论文的数量有大幅度增加，在Science或Nature上发表了学术论文；出版
10余部反映本学科前沿的著作和教材；培养博士生数量有所增加，获2－3篇优秀博士学位论文奖；队伍建设必国际学术交流上一个台阶。
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